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《本草纲目》脱稿于1578年，又经过反复三次修改后终于定稿。为了能尽快刊刻此书，李时珍不顾年高体弱，于1580及1590年两次前往太仓和南京，请当代文学家、曾任刑部尚书的王世贞作序，之后经金陵出版书商胡承龙应允刻印。从1590年（明万历十八年）起，至1593年（明万历二十一年）止，前后历时四年才全部刻完。在原书即将出版之时，李时珍告别人世，没有能目睹本草纲目的问世。三年后的1596年，《本草纲目》在南京全部出版，史称金陵版。目前该版本已成为世界珍宝，存世不多。
世界各地藏本
日本国立公文书馆内阁文库本（别42函8号）全帙本。为井口直树所献本。
日本国立国会图书馆本（205-5）全帙本。为田泽仲舒的旧藏书，后献于国立国会图书馆。
日本东洋文库本虽是全帙本，但一部分是钞补内容，为岩崎久弥旧藏书。
日本、东北大学附属图书馆狩野文库本全帙本。
美国国立国会图书馆本全帙本。日本的旧藏书。中国中医研究院图书馆本全帙本，谓思补山房的旧藏书。
中国上海图书馆本全帙本。1993年由上海科学技术出版社影印出版。根据其藏书印可知，此书曾为解放前的上海市科学技术图书馆藏书。更早的藏书印模糊不清，只知为“中国（科学院？）图书馆”之藏书印。
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