Cytoscape软件学习（1）：简介及安装

Figure 1 Cytoscape软件制作的蛋白质互作网络图（官网展示图片）

Cytoscape是一个开源的软件平台，用于图形化显示蛋白质互作网络数据并进行分析和编辑（Figure 1）。它支持多种网络描述格式，也可以用以Tab制表符分隔的文本文档或Microsoft Excel文件作为输入，或者利用软件本身的编辑器模块直接构建网络。它还能够为网络添加丰富的注释信息，并且可以利用自身以及第三方开发的大量功能插件，针对网络问题进行深入分析。

Cytoscape对非盈利性客户免费，在他的官网（http://www./download.php）上即可下载。目前windows平台的最新版本为3.2.1（有64位和32位两个版本），另外也有Mac OS X和Linux平台的对应版本。

该软件的运行同样首先需要Java虚拟机环境（6.0以上版本，可在此处获得http://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/index.html）。下面介绍Cytoscape3.21（windows-64bit）的安装流程。

Figure 2双击安装包，进入软件的安装向导，直接Next

Figure 3接受许可协议才能Next

Figure 4选择安装路径，安装需要的空间不多，默认路径就好。

Figure 5选择是否让软件默认关联*.cys文件类型，当然同意了。

Figure 6 Next后即开始安装

Figure 7几秒钟就finish了，还是蛮快的。

Figure 8它不会在桌面生成程序的快捷方式，从开始菜单中查找并首次运行软件时需要初始化OSGi container。OSGi：Open Service Gateway Initiative，一个基于Java语言的软件服务（业务）规范，其核心是一个框架 ，其中定义了应用程序的生命周期模式和服务注册。基于这个框架定义了大量的OSGi服务：日志、配置管理、偏好，HTTP（运行servlet）、XML分析、设备访问、软件包管理、许可管理、星级、用户管理、IO连接、连线管理、Jini和 UPnP。

Figure 9软件准备好后就会出现一个欢迎界面，开启蛋白质互作网络分析之旅的起点。