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pandas 数据规整

 qqcy404 2016-04-05

合并数据集


  • pandas.merge 可根据一个或多个键将不同 DataFrame 中的行连接起来。
  • pandas.concat 可以沿着一条轴将多个对象堆叠到一起
  • 实例方法 combine_first 可以用一个对象中的值填充另一个对象中对应位置的缺失值


使用键参数的 DataFrame 合并

pd.merge(left, right, how='inner', on=None, left_on=None, right_on=None, left_index=False, right_index=False, sort=False, suffixes=('_x', '_y'), copy=True) 用于通过一个或多个键将两个数据集的连接起来,类似于 SQL 中的 JOIN。该函数的典型应用场景是,针对同一个主键存在两张包含不同字段的表,现在我们想把他们整合到一张表里。在此典型情况下,结果集的行数并没有增加,列数则为两个元数据的列数和减去连接键的数量。

  • on=None 用于显示指定列名(键名),如果该列在两个对象上的列名不同,则可以通过 left_on=None, right_on=None 来分别指定。或者想直接使用行索引作为连接键的话,就将 left_index=False, right_index=False 设为 True。

  • how='inner' 参数指的是当左右两个对象中存在不重合的键时,取结果的方式:inner 代表交集;outer 代表并集;left 和 right 分别为取一边。

  • suffixes=('_x','_y') 指的是当左右对象中存在除连接键外的同名列时,结果集中的区分方式,可以各加一个小尾巴。

  • 对于多对多连接,结果采用的是行的笛卡尔积。

示例:

>>> df1 = DataFrame({'key':['a','a','b','b'],'data1':range(4)})>>> df2 = DataFrame({'key':['b','b','c','c'],'data2':range(4)})>>> pd.merge(df1,df2)   data1 key  data20      2   b      01      2   b      12      3   b      03      3   b      1[4 rows x 3 columns]>>> pd.merge(df1,df2,how='left')   data1 key  data20      0   a    NaN1      1   a    NaN2      2   b      03      2   b      14      3   b      05      3   b      1[6 rows x 3 columns]>>> pd.merge(df1,df2,left_index=True,right_index=True)   data1 key_x  data2 key_y0      0     a      0     b1      1     a      1     b2      2     b      2     c3      3     b      3     c[4 rows x 4 columns]

DataFrame 还有一个方法:.join(self, other, on=None, how='left', lsuffix='', rsuffix='', sort=False),它能更方便地实现按索引合并。它还可以用于合并多个带有相同或相似索引的 DataFrame 对象,而不管他们之间有没有重叠的列。值得注意的是它的参数里 lsuffix='' , rsuffix='' 并没有给出默认值,所以当你的对象中有列重叠(columns overlap)时需要显示指定 suffix 参数,否则会报 ValueError:

>>> df1.join(df2,rsuffix='_2')   data1 key  data2 key_20      0   a      0     b1      1   a      1     b2      2   b      2     c3      3   b      3     c[4 rows x 4 columns]


轴向连接

merge 算是一种整合的话,轴向连接 pd.concat() 就是单纯地把两个表拼在一起,这个过程也被称作连接(concatenation)、绑定(binding)或堆叠(stacking)。

因此可以想见,这个函数的关键参数应该是 axis,用于指定连接的轴向。在默认的 axis=0 情况下,pd.concat([obj1,obj2]) 函数的效果与 obj1.append(obj2) 是相同的;而在 axis=1 的情况下,pd.concat([df1,df2],axis=1) 的效果与 pd.merge(df1,df2,left_index=True,right_index=True,how='outer') 是相同的。可以理解为 concat 函数使用索引作为“连接键”。

本函数的全部参数为:pd.concat(objs, axis=0, join='outer', join_axes=None, ignore_index=False, keys=None, levels=None, names=None, verify_integrity=False)

  • objs 就是需要连接的对象集合,一般是列表或字典;axis=0 是连接轴向

  • join='outer' 参数作用于当另一条轴的 index 不重叠的时候,只有 'inner''outer' 可选(顺带展示 ignore_index=True 的用法):

    >>> df1 = DataFrame({'a':range(3),'b':range(3)})>>> df2 = DataFrame({'a':range(4)})>>> pd.concat([df1,df2])   a   b0  0   01  1   12  2   20  0 NaN1  1 NaN2  2 NaN3  3 NaN[7 rows x 2 columns]>>> pd.concat([df1,df2],join='inner',ignore_index=True)   a0  01  12  23  04  15  26  3[7 rows x 1 columns]
  • join_axes=None 参数用于详细制定其他轴上使用的索引,优先级可以覆盖 join 参数,join_axes 的类型是一个列表,其中的元素为其他轴的 index 。比如上例两条命令等价于这样:pd.concat([df1,df2],join_axes=[['a','b']])pd.concat([df1,df2],join_axes=[['a']])

  • keys=None 参数的作用是在结果集中对源数据进行区分。前例中可以看到,结果集中的项无法区分来源,因此使用一个列表型的 keys 参数可以在连接轴上创建一个层次化索引;另一个隐式使用 keys 参数的方法是传入 objs 参数时使用字典,字典的键就会被当做 keys。

    >>> s1a    0b    1dtype: int64>>> s2c    2d    3e    4dtype: int64>>> pd.concat([s1,s2],keys=['one','two'])one  a    0     b    1two  c    2     d    3     e    4dtype: int64>>> pd.concat({'one':s1,'two':s2})one  a    0     b    1two  c    2     d    3     e    4dtype: int64
  • levels=Nonenames=None 参数与 keys 参数有关,这里 pass;verify_integrity=False 参数用于检查结果对象新连接轴上的索引是否有重复项,有的话引发 ValueError,可以看到这个参数的作用与 ignore_index 是互斥的。


合并重叠数据

obj.combine_first(other) 方法的作用是使用 other 中的数据去填补 obj 中的 NA 值,就像打补丁。而且可以自动对齐。

>>> s1 = Series(range(5))>>> s2 = Series(range(1,5),index=range(1,5))>>> s1[2] = np.nan#设置一个 NA>>> s10     01     12   NaN3     34     4dtype: float64>>> s21    12    23    34    4dtype: int32>>> s1.combine_first(s2)0    01    12    23    34    4dtype: float64


重塑和轴向旋转


有许多用于重新排列表格数据的基础运算。这些函数称为重塑(reshape)或轴向旋转(pivot)运算。

重塑层次化索引

层次化索引为 DataFrame 数据的重排任务提供了一种具有良好一致性的方式。重塑层次化索引通过以下两个方法完成:

  • .stack() 将列 “压缩” 为行的下级层次化索引
  • .unstack() stack 的逆操作——将层次化的行索引 “展开” 为列

示例:

>>> hdf           opening  closingsh 600000        0        1   600001        2        3sz 000001        4        5   000002        6        7[4 rows x 2 columns]>>> hdf.unstack()    opening                          closing                             000001  000002  600000  600001   000001  000002  600000  600001sh      NaN     NaN       0       2      NaN     NaN       1       3sz        4       6     NaN     NaN        5       7     NaN     NaN[2 rows x 8 columns]>>> hdf.stack()sh  600000  opening    0            closing    1    600001  opening    2            closing    3sz  000001  opening    4            closing    5    000002  opening    6            closing    7dtype: int32

可见,如果是普通的多列 DataFrame ,调用一次 stack 后就会变成 Series 了。

默认情况下,unstack 操作的是最内层(stack 亦如此)。传入分层级别的编号或 name 即可对其他级别进行操作。

>>> hdf.unstack(0)#展开外层        opening      closing                 sh  sz       sh  sz000001      NaN   4      NaN   5000002      NaN   6      NaN   7600000        0 NaN        1 NaN600001        2 NaN        3 NaN[4 rows x 4 columns]>>> hdf.index.names=['Exchange','code']#分层命名>>> hdf.unstack('Exchange')          opening      closing    Exchange       sh  sz       sh  szcode                              000001        NaN   4      NaN   5000002        NaN   6      NaN   7600000          0 NaN        1 NaN600001          2 NaN        3 NaN[4 rows x 4 columns]>>> hdf.unstack('code')          opening                          closing                        code       000001  000002  600000  600001   000001  000002  600000  600001Exchange                                                                  sh            NaN     NaN       0       2      NaN     NaN       1       3sz              4       6     NaN     NaN        5       7     NaN     NaN[2 rows x 8 columns]


将 “长格式” 转换为 “宽格式”

时间序列数据通常都是以所谓的 “长格式”(long) 或 “堆叠格式”(stacked)存储在数据库或 CSV 中的:

>>> ldata          date     item     value0   1959-03-31  realgdp  2710.3491   1959-03-31     infl     0.0002   1959-03-31    unemp     5.8003   1959-06-30  realgdp  2778.8014   1959-06-30     infl     2.3405   1959-06-30    unemp     5.1006   1959-09-30  realgdp  2775.4887   1959-09-30     infl     2.7408   1959-09-30    unemp     5.3009   1959-12-31  realgdp  2785.20410  1959-12-31     infl     0.27011  1959-12-31    unemp     5.600[12 rows x 3 columns]

这个 item 其实只包含三个字段——realgdp、infl 和 unemp,但每一个字段都单独存储为一行。这样做的好处是在数据库中维护了一个动态的 item 字段,以后如果 item 的项有增删的话,也不必改变表结构。但这种做法的冗余信息过多,而且操作起来很麻烦,需要额外输入很多命令,因此在处理数据前先将其 “展开” 为 “宽格式” 就显得很有必要。

这项任务其实在上一节中就已经给出了解决方法,不过本节要介绍的是一种 “快捷方式”——obj.pivot(index=None, columns=None, values=None) 方法。三个参数都应是来自 obj 的列名,或列对象。分别用于指定结果对象的 index、columns 和 values 属性。

>>> ldata.pivot('date','item','value')item        infl   realgdp  unempdate                             1959-03-31  0.00  2710.349    5.81959-06-30  2.34  2778.801    5.11959-09-30  2.74  2775.488    5.31959-12-31  0.27  2785.204    5.6[4 rows x 3 columns]


数据转换


除了前面介绍的数据重排外,另一种重要操作是过滤、清理以及其他的转换工作

移除重复数据

移除重复数据操作有两个方法可用

  • obj.duplicated() 本方法返回一个布尔型 Series,将重复的行标记为 True
  • obj.drop_duplicates() 本方法直接返回一个去除了重复行的新对象

这两个方法默认都会检查所有的列,如果想仅针对某一(些)列进行检查的话,可以传入 cols 参数,指定需要检查的列。

方法默认将第一个出现的值保留,还有一个 take_last=False 参数,可将其改为 True 以保留最后的值。

利用函数或映射进行数据转换

Series 或 DataFrame 的列都可以调用一个 .map() 方法。该方法接受一个函数或字典作为参数,并将之应用于对象的每一个元素,最后返回一个包含所有结果的 Series。

>>> ser = Series(range(5))>>> ser0    01    12    23    34    4dtype: int32>>> ser.map(str).map(lambda x:x+'!')0    0!1    1!2    2!3    3!4    4!dtype: object>>> ser.map(lambda x:str(x)+'!')0    0!1    1!2    2!3    3!4    4!dtype: object

一个例子写了两遍是为了展示 map 方法的嵌套用法。

替换值

fillna 方法填充缺失值可以看做值替换的一种特殊情况,map也可以用来修改对象的数据子集,而 .replace(to_replace=None, value=None, inplace=False, limit=None, regex=False, method='pad', axis=None) 方法则提供了实现该功能的一种更简单、更灵活的方式。

to_replace 参数可以是:str, regex, list, dict, Series, numeric, or None;value 参数可以是:scalar, dict, list, str, regex, default None。其他参数的特殊用法请使用 help 查看。

>>> ser.replace([1,2],'x')0    01    x2    x3    34    4dtype: object


重命名轴索引

前面应该提到过,pandas 对象的 index 参数是不可变(immutable)的,即不可以直接对其元素进行赋值操作。但你却可以对其使用 obj.index.map() 方法。

也可以直接对数组对象调用 obj.rename(index=None,columns=None) 方法。这里的 index 和 columns 参数并不是 index 对象,而是一个函数或字典:

>>> ldata[:3]         date     item     value0  1959-03-31  realgdp  2710.3491  1959-03-31     infl     0.0002  1959-03-31    unemp     5.800[3 rows x 3 columns]>>> ldata[:3].rename(columns=str.title)         Date     Item     Value0  1959-03-31  realgdp  2710.3491  1959-03-31     infl     0.0002  1959-03-31    unemp     5.800[3 rows x 3 columns]


离散化和面元划分

为了便于分析,连续数据常常被离散化或拆分为 “面元”(bin)。这个过程要使用到 pandas 的 cut 函数:

cut(x, bins, right=True, labels=None, retbins=False, precision=3, include_lowest=False)

核心参数为 x 和 bins,x 为被切对象,应当是个一维的类数组结构;bins 参数可以是序列、整数或标量。

  • 序列:按序列的元素间隔划分 x,返回 x 各个元素的分组情况

    >>> bins = [0,3,6,9]>>> ser = Series(np.random.randint(1,10,6))>>> ser0    51    52    13    44    35    4dtype: int32>>> cats = pd.cut(ser,bins,labels=['small','middle','large'])>>> cats middle middle  small middle  small middleLevels (3): Index(['small', 'middle', 'large'], dtype=object)
  • 整数:以 x 的上下界等长划分,可用 precision 参数调节精度。

    >>> ser = Series([2,6,7,3,8])>>> pd.cut(ser,3,precision=1) (2, 4] (4, 6] (6, 8] (2, 4] (6, 8]Levels (3): Index(['(2, 4]', '(4, 6]', '(6, 8]'], dtype=object)

right=True 参数用于控制序列型 bins 的边界,默认为右包含。labels 参数可以给 bins 添加代号。

最后我们来看一下 cut 函数返回的这个对象:

>>> type(cats)>>> cats.labelsarray([1, 1, 0, 1, 0, 1], dtype=int64)>>> cats.levelsIndex(['small', 'middle', 'large'], dtype='object')>>> pd.value_counts(cats)middle    4small     2dtype: int64

Categorical 对象是一个枚举型的序列对象,它的可选值都显示在 levels 属性里。

另一个 pd.qcut() 函数与 cut 类似,但它可以根据样本的分位数对数据进行面元划分:

>>> ser = np.random.randint(0,100,1000)>>> cats = pd.qcut(ser,10)>>> pd.value_counts(cats)(61, 70]      112(41, 52]      104[0, 9]        104(20.8, 31]    103(77, 88]      102(31, 41]      100(88, 99]       97(9, 20.8]      96(52, 61]       94(70, 77]       88dtype: int64

cut 与 qcut 的更多用法会在数据聚合与分组篇中提及。

检测和过滤异常值

异常值(outlier)的过滤或变换运算在很大程度上就是数组运算。如下一个 (1000,4)的标准正态分布数组

>>> data = DataFrame(np.random.randn(1000,4))>>> data.describe()                 0            1            2            3count  1000.000000  1000.000000  1000.000000  1000.000000mean     -0.002069    -0.004543    -0.019383     0.015766std       1.015236     1.007477     1.036879     0.989083min      -3.344487    -3.305229    -2.980726    -3.57346025%      -0.712828    -0.643239    -0.720927    -0.62815150%       0.019140     0.019844    -0.048479     0.03835175%       0.675520     0.669538     0.714605     0.691746max       3.572161     3.178061     3.114121     3.946495[8 rows x 4 columns]

假设要找出某一列中绝对值大小超过 3 的项:

>>> col = data[3]>>> col[np.abs(col)>3]385   -3.573460692    3.034318763    3.946495Name: 3, dtype: float64

要选出全部含有 “绝对值超过 3 的值” 的行,可以利用布尔型索引和 any 方法:

>>> data[(np.abs(data)>3).any(1)]            0         1         2         3122  0.989242 -0.458811  3.114121  1.562819215  3.572161  0.187996 -0.687865  1.378730216  3.265406 -0.263109  0.682896 -0.637152381 -3.344487 -0.622073  1.107529 -0.196075385 -2.111132 -0.863913 -1.103775 -3.573460426  0.210532 -3.208607  1.092182 -0.255276452  3.203703 -0.992268 -1.396385 -2.701209457 -1.361164  3.178061 -0.115614  0.709487692  0.578040  1.480447 -1.927734  3.034318763 -1.481627  1.136522  0.283987  3.946495920  1.901519 -3.305229 -0.220002 -0.333692[11 rows x 4 columns]

以下命令会将 data 的值全部限制在 [-3,3] 之间,通过将异常值替换为 -3 和 3 的方式。

>>> data[np.abs(data)>3] = np.sign(data)*3>>> data.describe()                 0            1            2            3count  1000.000000  1000.000000  1000.000000  1000.000000mean     -0.002766    -0.004207    -0.019497     0.015359std       1.010851     1.005330     1.036540     0.983736min      -3.000000    -3.000000    -2.980726    -3.000000  #!25%      -0.712828    -0.643239    -0.720927    -0.62815150%       0.019140     0.019844    -0.048479     0.03835175%       0.675520     0.669538     0.714605     0.691746max       3.000000     3.000000     3.000000     3.000000  #![8 rows x 4 columns]

np.sign() 函数可以返回一个由 -1 和 1 组成的数组,表示原始值的符号。

随机采样

随机采样的基本思路是:先利用 np.random 模块随机生成一个需要的索引,然后利用这个索引去源数据里过滤取值。随机采样的两个常用函数为

  • np.random.randint(start, end, size) 这个函数一般用于实现 “可重取” 的随机采样,因为返回的数组中的元素可重复,而且 size 可变

    >>> bag = np.array([5,7,-1,6,4])>>> sampler = np.random.randint(0,len(bag),size=10)>>> bag.take(sampler)array([5, 5, 7, 5, 7, 5, 6, 7, 7, 4])>>> bag[sampler]array([5, 5, 7, 5, 7, 5, 6, 7, 7, 4])
  • np.random.permutation(x) 函数用于随机排列一个序列类型。x 参数接受整数或类序列类型,实际处理过程中都是按序列来处理的——整型 x 会当做 range(x) 来处理。本函数会随机重排(shuffle)接收到的序列参数并返回一个新结果,显然这是一个 “不可重取” 的抽样,且 size 最大即为 len(x)。

    >>> df = DataFrame(np.arange(20).reshape(5,4))>>> sampler = np.random.permutation(5)>>> samplerarray([2, 1, 0, 4, 3])>>> df    0   1   2   30   0   1   2   31   4   5   6   72   8   9  10  113  12  13  14  154  16  17  18  19[5 rows x 4 columns]>>> df.reindex(sampler)    0   1   2   32   8   9  10  111   4   5   6   70   0   1   2   34  16  17  18  193  12  13  14  15[5 rows x 4 columns]>>> df.take(sampler)    0   1   2   32   8   9  10  111   4   5   6   70   0   1   2   34  16  17  18  193  12  13  14  15[5 rows x 4 columns]>>> df.ix[sampler]    0   1   2   32   8   9  10  111   4   5   6   70   0   1   2   34  16  17  18  193  12  13  14  15[5 rows x 4 columns]

因为 sampler 是一个数组类型,所以用它在源数据中取值的方式有很多 ↑,如果不想全部取样的话,给 sampler 加个切片就可以了。

转换指标/哑变量

pd.get_dummies(data, prefix=None, prefix_sep='_', dummy_na=False) 函数可用来将分类变量(Categorical variable)转换为 “哑变量矩阵”(dummy matrix)或称 “指标矩阵”(indicator matrix)。更加便捷的是,data 参数并不限于 categorical 类型,而是可以直接使用一个类 Series 对象,比如 DataFrame 的列。本函数返回的是一个以 data 元素为列名的 1、0 矩阵。

>>> ser = Series(['b','b','a','c','a','b'],name='key')>>> ser0    b1    b2    a3    c4    a5    bName: key, dtype: object>>> pd.get_dummies(ser)   a  b  c0  0  1  01  0  1  02  1  0  03  0  0  14  1  0  05  0  1  0[6 rows x 3 columns]

将本函数直接应用于 DataFrame 的列上,再与原数据剩余部分连接:

>>> df = DataFrame({'key':['b','b','a','c','a','b'],'value':range(6)})>>> df  key  value0   b      01   b      12   a      23   c      34   a      45   b      5[6 rows x 2 columns]>>> pd.get_dummies(df['key']).join(df['value'])   a  b  c  value0  0  1  0      01  0  1  0      12  1  0  0      23  0  0  1      34  1  0  0      45  0  1  0      5[6 rows x 4 columns]


字符串操作


在对字符串元素进行规整化操作时,使用 .map() 方法的一个弊端是需要小心绕过 NA 值。为了解决这个问题,Series 直接提供了一些能够跳过 NA 值的字符串操作方法,全部通过 ser.str.xxx() 来访问。这些方法一般也都支持正则表达式。

>>> data = Series({'Dave':'dav@google.com','Steve':'steve@gmail.com',               'Rov':'rob@gmail.com','Wes':np.nan})>>> dataDave      dav@google.comRov        rob@gmail.comSteve    steve@gmail.comWes                  NaNdtype: object>>> data.str.contains('gmail')Dave     FalseRov       TrueSteve     TrueWes        NaNdtype: object>>> pattern = '([A-Z0-9._%+-]+)@([A-Z0-9.-]+)\\.([A-Z]{2,4})'>>> import re>>> data.str.findall(pattern,flags=re.IGNORECASE)Dave      [(dav, google, com)]Rov        [(rob, gmail, com)]Steve    [(steve, gmail, com)]Wes                        NaNdtype: object

有两个办法可以实现矢量化的元素获取操作:要么使用 str.get,要么在 str 属性上使用索引。

>>> matches = data.str.match(pattern,flags=re.IGNORECASE)>>> matches.str.get(1)Dave     googleRov       gmailSteve     gmailWes         NaNdtype: object>>> matches.str[0]Dave       davRov        robSteve    steveWes        NaNdtype: object

其他一些矢量化的字符串方法有:

######################## ****************************************************************
cat 元素级的字符串连接操作,可指定分隔符
contains 返回表示各字符串是否包含指定模式的布尔型数组
count 模式的出现次数
endswith, startswith 元素级执行 x.endswith(pattern)
findall 返回各字符串的模式列表
get 获取各元素的第 i 个字符
join 根据指定的分隔符将 Series 中的元素字符串连接起来
len 计算各字符串的长度
lower, upper 元素级转换大小写
match 根据指定的表达式对各元素执行 re.match
pad 在字符串的左边、右边或两边添加空白符
center 相当于 pad(side='both')
repeat 重复值,元素级执行 x*n
replace 用指定字符串替换找到的模式
slice 对 Series 各个字符串进行子串截取
split 根据分隔符或 re 对字符串进行拆分
strip, rstrip, lstrip 去除空白符,包括换行符。

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