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转录后调控是指在RNA转录后对基因表达的调控，是真核生物基因表达的特点之一。RNA家族作为科研界的后起之秀，一直备受瞩目。而近年来，除了魅力不减当年的miRNA、炙手可热的lncRNA，ceRNA假说也随之出现，逐渐成为研究的热点！ 2011年，国际顶尖学术期刊CELL上，Pier Paolo Pandolfi等发表了具有里程碑意义的一文”A ceRNA Hypothesis: The Rosseta Stone of a hidden RNA language?”。作者第一次提出了“ceRNA假说”，该假说的提出，开启了一扇转录组研究的新大门。 一、ceRNA假说的主要内容 1）ceRNA假说揭示了一种RNA间相互作用的新机制。 2）已知miRNA可以通过结合mRNA导致基因沉默，而ceRNA可以通过竞争性地结合miRNA来调节基因表达。 3）ceRNA可以通过应答元件（miRNA response elements，MREs)与miRNA结合从而影响miRNA导致的基因沉默。 4）ceRNA能与其它RNA转录体竞争相同的miRNA，从而实现相互间的交流与调节。 二、ceRNA假说的主角 主角一：MicroRNA 与microRNA结合的序列成为microRNA反应元件(MREs)。多个microRNA能够同时作用于一条mRNA转录体上的不同MREs，而且每一条microRNA能够抑制数百条转录体，因此microRNA调解着数量巨大的转录组。 主角二：mRNA 目前已证实人类基因组中大约有2万个蛋白编码基因，其中大多密布MREs。 主角三：假基因 假基因虽然不具备蛋白编码能力，但依然具有组织特异性，而且能在特定病理条件下激活或沉默。重要的是，基因和相关假基因具有序列高度保守性，这提示它们可被相同的microRNA结合。例如：PTEN和其假基因PTENP1。 主角四：长链非编码RNA 目前已发现超过10 000种lncRNA可能具有潜在的ceRNA特性。 主角五：circRNA 三、ceRNA调控网络 ceRNA作为一种全新的基因表达调控模式，与miRNA调控网络相比： 1）ceRNA调控网络更为精细和复杂； 2）涉及更多RNA分子，包括mRNA、假基因、长链非编码RNA和miRNA等。 四、ceRNA研究思路 1.ceRNA研究样本选择原则 l 样本的基因组要一致 l 有无基因组均可 l 不同生境、不同状态和不同部位的样本 l 样本分组≧2 l 每组生物学重复≧3 2.ceRNA研究流程 3.ceRNA调控网络相关研究资源推荐 1）starBase平台 网站地址：http://starbase./mirLncRNA.php 构建了最全面的CLIP-Seq实验支持的miRNA和lncRNA的调控关系网络,包括构建了ceRNA调控网络。 2）lnCeDB 网站地址：http:///lncedb/ 充当竞争性内源RNA的人类长链非编码RNA数据库 3）竞争性内源RNA数据库ceRDB 网站地址：http://www.oncomir./cefinder/ 五、ceRNA经典案例—ceRNA与胃癌 宁波大学医学院的研究人员,针对胃癌中长链非编码RNA（lncRNAs）相关的竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)展开了调查，研究结果发布在2014年8月15日的《Scientific Reports》杂志上。研究人员基于胃癌lncRNA微阵列数据、生物信息学算法miRcode以及miRNA靶标数据库TarBase，首次构建出了一个lncRNA-miRNA-mRNA网络，揭示出了相关的8种lncRNAs和9种miRNAs。 随后，利用头颈部鳞癌、前列腺癌、甲状腺乳头状癌、垂体促性腺激素肿瘤、卵巢癌、慢性淋巴细胞白血病6种癌症类型的数据对这一网络进行了验证，研究结果显示出了一个明确的癌相关ceRNA网络。 六、我们可以提供的相关服务 参考文献： [1]Salmena L, Poliseno L, Tay Y, et al. A ceRNA hypothesis: the Rosetta Stone of a hidden RNA language?[J]. Cell, 2011, 146(3): 353-358. [2]Xia T, Liao Q, Jiang X, et al. Long noncoding RNA associated-competing endogenous RNAs in gastric cancer.[J]. Scientific Reports, 2014, 4:6088-6088. [3]Poliseno L, ? * Leonardo Salmena, Zhang J, et al. A coding-independent function of gene and pseudogene mRNAs regulates tumour biology.[J]. Nature, 2010, 465(7301):1033-8. [4]Guo G, Kang Q, Zhu X, et al. A long noncoding RNA critically regulates Bcr-Abl-mediated cellular transformation by acting as a competitive endogenous RNA.[J]. Oncogene, 2015, 34(14):1768-79. 来源：源宜基因 文案：邢书娟 赵 强 编辑：王 倩 医学科研干货免费下载，请点击这里关注“肽度时界”公众号，关注后回复“指定数字”获取： 1. 中国互联网预约挂号服务市场专题研究报告2016--回复“004”领取 2. 科研必备软件（12大分类50款）免费下载 --回复“005”领取 3. 2016年全球二代基因测序行业投研报告 --回复“006”领取 4. lncRNA超级干货（68篇文献免费阅读） --回复“007“领取 5. SCI论文超级干货合集（SCI论文写作技巧+配图软件+施一公大咖经验+文献检索+SCI经验书籍） --回复“008” 领取 6. 中国移动医疗市场年度研究报告2016 --回复“009”领取 |
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