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巴赫于1685年3月21日出生在德国中部杜林根森林地带的爱森纳赫。巴赫家族是地地道道的音乐世家。
巴赫十岁时便父母双亡，不得不背井离乡，来到奥尔德鲁夫他大哥家居住。巴赫在这位当管风琴师的兄长指导下，掌握了键盘乐器的演奏技巧，为日后成为键盘乐器演奏大师奠定了基础。但却不允许翻看音乐资料。小巴赫只得趁哥哥离家外出与深夜熟睡之际，在月光下偷偷地把心爱的曲谱一笔一划地抄下来，历时长达半年之久，因而大大损坏了他的视力。
由于家庭和经济的原因，巴赫没能像亨德尔那样去接受大学教育，在十五岁时就远行到吕内堡求学。在三年多艰苦的求学历程中，巴赫广泛汲取了前人留下的丰富营养，亲自拜访了附近的一些音乐名师，掌握了精湛的作曲技巧。
巴赫最初于1703年和1707年先后在阿恩施塔特和米尔豪森的教堂中人管风琴师，创作当然也以宗教音乐为主。 随著他的演奏技巧和作曲技艺的日趋成熟，巴赫也随之名声鹊起，并且也脱去了教堂乐师的黑色长袍，穿上华丽的制服，成为宫廷乐师。从1708年到1723年的十五年间，巴赫先后在魏玛和柯滕的宫廷中供职。
魏玛时代（1708-1717） 这个是巴赫创作臻于成熟的阶段。
柯滕时代（1717-1723） 在柯滕的日子是巴赫一生中的一个黄金时代。此间他创作了被誉为“键盘乐的旧约圣经”的《平均律钢琴曲集》第一卷和在管弦乐发展史上堪称里程碑的《勃兰登堡协奏曲》等大量出色的世俗和宗教音乐；同时巴赫还在柯滕宫廷任职，柯滕宫的镜厅非常华丽，这里还供有巴赫像。
1723年，巴赫的主人柯滕亲王对音乐的兴趣似乎淡漠了，于是他辞去了宫廷中的职务，来到莱比锡出任圣托马斯教堂学校的乐监（音乐指导），在那里他度过了一生中余下的27年时间。
此后，柯滕镇因为巴赫的音乐而充满活力：其合唱团自1908年起就沿用巴赫的名字、1935年创立的“巴赫音乐节”、1967年为纪念巴赫在这里供职250周年轮番举办了“巴赫音乐节”及“巴赫音乐比赛”，并将此作为传统延续至今，而当时的组织者也就此成立下来，即为今天的“柯滕巴赫社团”。1983年柯滕历史博物馆专门开放了“巴赫纪念馆”。
莱比锡时代（1723-1750） 莱比锡时期是巴赫一生中最长的一个时期，也是创作最多的时期。此时的巴赫无论演奏技巧还是作曲水平都已到了炉火纯青的地步。他在莱比锡谱写的杰作，有感人至深的《b小调弥撒》和《马太受难乐》，《平均律钢琴曲集》第二卷和体现他高深作曲造诣的《赋格的艺术》等。1747年，这位无冕音乐之王去波茨坦旅行时被另一位国王—普鲁士国王腓特烈召见，并表演了即兴演奏，在座的观众无不为之折服。第二年，巴赫把这次演奏的主题加以发展，写成了另一部总结他作曲和演奏艺术的作品—《音乐的奉献》。
在莱比锡，巴赫作为圣托马斯男声合唱团的指挥度过了27年，由于他长期用眼过渡，巴赫视力减退，晚年患白内障失明了，但他仍用口授的方式坚持创作。在逝世的前几天，他还在口授一首众赞歌《走向主的神坛》。乐曲每一个音符都表达出老人生前最后的虔诚祈祷，最后在第二十六小节处嘎然而止，成了大师的绝笔之作。
1750年7月28日夜，巴赫的一生画上了最后一个休止符，安然的走向了他心中的神坛。三天后，约翰·塞巴斯蒂安·巴赫在莱比锡圣约翰教堂墓地下葬。
