有明一朝，平定倭患是重要一节。所谓倭寇，系日本岛人与中国东南沿流民及内陆个别商贾相勾结，为谋取财货利益而形成的武装匪寇。倭寇杀人抢掠，攻城占地，凶顽之极。《明史》载，“真倭”（即日本人）占十之三，“假倭”（中国人）占十之七。关于“倭”字本人在前篇中已作训解。“寇”即群行攻劫及暴力抢掠。永乐之前，日本为开通两国海上贸易也捕剿倭寇。当时明朝廷海禁甚严。永乐初曾诏谕日本十年一贡，人数不超过二百，船止二艘，不得携带兵器，违者以匪寇论。并赐给舟二艘专门用作入贡。后均未严格遵守。宣德初，重新申定要约，人不过三百，舟不过三艘。民间不得互市交易。如此日本岛民及中国沿海商贾利益渠道严重受阻。嘉靖朝，倭患急剧爆发。以下仅以《明史.日本传》所载材料略述之。
宋代以前，日本与中国一直通使朝贡。蒙元强悍。元世祖忽必烈曾遣使臣赵良弼赴日本，数次招之不至，遂兴兵征伐日本。世祖命忻都、范文虎等帅舟师十万至日本沿海五龙山停泊，欲天亮登陆。不料当夜遭遇飓风，大军尽没，最终只回来三人。由此日本与蒙元结下梁子，使臣不再来中国。
洪武三年三月，太祖又派莱州府同知赵秩渡海谴责日本。赵秩见良怀，诏谕以中国威德并责其不臣。良怀曰：“吾国虽处扶桑东，未尝不仰慕中国，惟蒙古把我国当作臣妾。我先王不服，蒙古便派赵姓使臣（即元代赵良弼）以好言诱惑我，话音未落，其水军十万已列海岸矣。幸亏在天之灵雷霆波涛，一时大军尽覆。今新天子登基，天使亦姓赵，莫非蒙古后裔？也将好言欺骗而袭我也。”良怀说完，用眼睛示以左右侍卫对赵秩动手。赵秩神态自若不为所动，徐徐言道：“我大明天子神圣文武，非蒙古可比。我亦非蒙古使者之后人。想动手，动我好了。”良怀气馁沮丧，下堂延请赵秩，礼遇甚优。
不久，良怀遣僧人祖来奉表称臣，贡马及方物，且送还明、台两州被掠人口七十馀人，于洪武四年十月至京师。太祖给予嘉奖，赐宴并赏其来使。其后，派僧人祖阐、克勤等八人送日本使者回国。赐良怀《大统历》及文绮、纱罗等物。洪武五年（1372），日本掳掠海盐、澉浦及福建诸郡。六年，太祖命於显为总兵官出海巡逻。
当时日本王良怀年少，其国内有名曰持明者与之争夺王位，致内乱。后来日本几次来人朝贡。或因其国内政令不畅，这些来使或不奉表或不奉正朔或未有国王之命，太祖均却之不纳，给使者赏赐令其回国。洪武十四年（1381），日本又来朝贡，太祖再次拒绝。并命礼官谴责日本国王，话语中有欲征讨之意。
良怀政局趋于平稳，态度亦逐渐强硬，他上书称：“臣闻三皇立极，五帝禅宗，惟中华之有主，岂夷狄而无君。乾坤浩荡，非一主之独权，宇宙宽洪，作诸邦以分守。盖天下者，乃天下人之天下，非一人之天下。臣居远弱之倭，褊小之国，城池不满六十，封疆不足三千，尚存知足之心。陛下作中华之主，为万乘之君，城池数千，封疆百万里，犹有不足之心，常起灭绝之意。天发杀机，移星换宿。地发杀机，龙蛇走陆。人发杀机，天地反覆。昔尧舜有德，四海来宾，汤武施仁，八方奉贡。臣闻天朝有兴兵之策，小邦亦有御敌之图。论文，我国有孔孟道德之文章，论武，有孙吴韬略之兵法。又闻陛下选股肱之将，起精锐之师，来侵犯臣境。我国水泽之地，山海之洲，自有其备，岂肯跪途而投降？顺之未必其生，逆之未必其死。两军相逢贺兰山前，聊以博戏，臣何惧哉。倘君胜臣负，我自满足上国之意。若臣胜君负，上国当作小邦之羞。自古讲和为上，罢战为强，免生灵之涂炭，拯黎庶之艰辛。特遣使臣，敬叩丹陛，惟上国审慎考虑。”
太祖阅后甚怒。但终因蒙元之鉴，未动兵事。
洪武二十年（1387），太祖命江夏侯周德兴往福建沿海四郡察看地形。凡卫所城池位置不在要害者一律迁移。民户三丁取一人当兵戍边，筑城十六座，增置巡检司四十五，共得兵卒一万五千人。又命信国公汤和巡视浙江东西诸郡，整饬海防，筑城五十九座。民户以四丁以上者抽一人为士卒，得兵五万八千七百馀人。闰六月，命福建准备海船百艘，广东准备二百艘。严守备战。
不久，日本王子滕祐寿来京师国子监入学，太祖颇善待之。二十四年五月特授其观察使，留在京师。之后朱太祖修著《祖训》，明列十五个不加征讨之国，其中有日本。自此，日本朝贡不至，海上警戒亦渐弱。
明成祖朱棣即位，遣使赴日本诏谕登基之事。永乐二年（1404），对马、台岐诸岛贼抢掠沿海渔民，成祖谕日本王派兵剿捕。日本出兵尽歼贼匪，缉捕岛贼首领二十人。第二年十一月，日本将此二十人进献于朝并修贡。成祖嘉奖，颁赐日本王九章冕服及钱钞、锦绮等。将其所献二十人归还，令其自行处置。日本使臣回国途中至宁波，把该二十人置于大瓮，全部蒸杀。
永乐五年、六年，日本频繁来朝贡，且献所获海寇。六年十二月，日本国王源道义卒，其世子源义持派人来报丧。成祖命中官周全前往吊唁且送賻金。又遣官赴日本敕封源义持为日本国王。时值海上又有海寇匪情，成祖再遣使宣谕，令源义持剿捕。永乐八年（1410）四月，日本王源义持遣使谢恩，献所获海寇。九年，倭寇侵扰盘石。十五年，又侵扰松门、金乡、平阳。地方职司捕获倭寇数十人至京，廷臣请正法。成祖曰：“威之以刑，不若怀之以德，宜还之。”随后成祖命刑部对倭寇给予训诫，令其悔罪自新。十七年，倭船入王家山岛，都督刘荣率精兵疾驰进入望海埚。倭寇数千人分乘二十条船直抵马雄岛，围攻望海埚。刘荣出奇兵断倭寇归路，合兵进击。斩首七百四十二人，生擒八百五十七人。此后，倭寇不敢觊觎辽东一带。
正统四年（1439）五月，倭船四十艘连破台州桃渚、宁波大嵩二千户卫所，又攻陷昌国卫，大肆杀掠。八年五月，倭寇侵宁海。洪熙朝时，黄岩人周来保、龙岩人钟普福困于徭役加入倭寇，倭寇每次来袭二人充任向导。这年，二人又引导倭寇侵袭乐清，且先登岸侦察。倭寇离去后，二人留在村中乞丐时被捕获。处以极刑，于海上枭首。
嘉靖二十六年（1547）六月，巡按使杨九泽奏言：“浙江宁、绍、台、温皆海滨，界连福建福、兴、漳、泉诸郡，有倭患。虽设卫所城池及巡海副使、备倭都指挥，但海寇出没无常，两地官弁不能统摄。请如旧例，特遣巡视重臣，统领海滨诸郡，加强军令权威。”朝廷乃命副都御使朱纨巡抚浙江并辖制福、兴、漳、泉、建宁五府军事。（待续）
