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今天转载一个设计引物贴，作者ID是请叫我何博。我们一起来学习一下他的设计引物方法，毕竟多一个方法，多一条出路。 刚进入研究生生活的菜鸟们很恼火，到底怎么设计引物啊？相信你看了这个干货之后就明白了哈哈哈。引物（primer），就是一小段单链DNA或RNA，是DNA复制的起点，有了这个小小的引物才能延伸出我们需要的DNA序列（小小的东西往往发挥穿针引线的作用）。 现在设计引物有很多种方法，比如各种软件DNAman、Primer5.0、Snapgene、NCBI Web Tool等，这期主要讲述用NCBI Web Tool这个在线数据库设计引物。 首先你要下载自己要P的序列，当然了有很多的数据库可以选择，比如NCBI、Photozome、MaizeSeq（玉米研究）。下面以fea2这个有关玉米穗突变的基因为例来说明整个设计引物过程。 1 首先进入phytozome。 网址：https://phytozome.jgi./pz/portal.html 在“Tools”的下拉菜单里选择“Keyword search”，页面跳转后，输入基因ID，选择物种，再点击GO。 2 点击进入后，延伸序列的上下游（这里延伸长度按照实际情况选择）。 3 进入NCBI主页，点击“Blast”。 网址：http://www.ncbi.nlm./ 接着点击“Primer Blast”。 4 粘贴已得到的序列；修改引物结合范围，例如这个fea2这个基因长2489bp，上下延伸200bp之后，上游引物结合位置为1-200，下游结合位置为2689+200到2889；修改相应的产物大小。 选择数据库和物种。 5 得到了10对引物序列，我们要选择结合位点好，GC含量适当的引物，3’末端是A或者T的引物最好不要选择。 新建一个空白Word文档，按照下列格式将所有引物序列粘贴到Word中。 6 打开gramene，点击“Blast”，将上述序列粘贴到指定位置。 网址：http://www./ 选择物种，修改E值。 点击“run”，一切都搞定，选择我们需要的引物，可以无忧无虑的做PCR了。
作者表示，这是他做pcr时设计引物总结出来的，只适合于植物方面的引物设计。 |
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