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华裔科学家利用CRISPR首次开发出人体细胞DNA“记忆记录仪”

 易玄854 2016-08-30

导读MIT 华裔科学家卢冠达(Timothy K.  Lu)及其研究团队开发出了记录人体细胞 DNA 复杂历史的方法,从而能够通过 DNA 测序恢复 DNA 上关于过往事件的“记忆”。这个方法能帮助科学家研究胚胎发育期的细胞分化,环境变化时细胞的情况,以及由于遗传物质变化而引发疾病的时细胞是如何变化的等等。这项研究已发表于Science.



这种方法被形象地表达为DNA嵌入式记录仪,能记录人类细胞信号通路的各种活动.


近日,华裔科学家卢冠达及其研究团队在 Science 上发表文章称,他们利用热门的 CRISPR/Cas9 基因编辑技术开发出了可以记录人类细胞DNA复杂历史的方法,这是第一个能记录人类细胞所经历的事件的时间及/或强度的模拟记忆储存系统。

卢冠达,很厉害的80后大牛,学术背景包括电气工程,计算机科学,合成生物学,医学等,在Cell, Science等大牌期刊上发表过多篇文章。大家有兴趣可以看一看他的研究。


“模拟记忆”不是什么新鲜事,很多科学家,包括卢冠达,早就开发出了记录活跃细胞数字信息的方法,比如在具体事件发生时利用重组酶让细胞翻转其DNA 的一些片段,但这种方法只能反映出某时间发生与否,并且还不能在人类细胞中做到这一点。

 

这次所开发出来的新方法不仅能够在人类细胞中进行记录还能反映事件的时间和强度,其中 CRISPR/Cas9 技术可以说功不可没。CRISPR 简单来说就是一种基因编辑系统,由 DNA 剪切酶 Cas9 和一小段 RNA 向导链组成。RNA 链可以引导 Cas9 切割掉一段特定的 DNA,从而实现基因编辑。

 

以往,科学家们需要先创建与靶序列匹配的 RNA 向导链之后才能用 CRISPR 技术编辑基因,这次,卢冠达和其团队为了存储“记忆”,设计出了能够识别编码相同向导链的DNA的RNA向导链 (自我靶向向导, RNA self-targeting guide RNA)。并且,因为突变通常会导致DNA序列部分缺失,他们设计的向导链比一般的20个核苷酸长一些 (40个核苷酸序列长度可以记录至少一个月)。

 

这种自我靶向向导的 RNA 能引导 Cas9 酶切割编码这个向导 RNA 的 DNA,从而产生突变,再从而成为这一事件的记录。被编辑的DNA序列突变后,会编码新的向导RNACas9又会被指引去作用于新突变的DNA。如此一来,周而复始,只要Cas9保持其活性或者自我靶向向导RNA一直在表达,就能不断积累突变。通过调节Cas9 和向导RNA 的活性,这个循环的系统就能记录基因组编码的“记忆”。比如,研究人员设计了一种特殊的回路,使 Cas9 只在靶分子 TNF-α 存在时才会表达,那么,TNF-α 存在时,Cas9 就会切割编码向导RNA 的DNA,开始上面讲的步骤循环,积累突变。TNF-α存在的时间越长,或浓度越高,突变就会积累得越来越多。最后,通过DNA测序,研究人员就可以推测接触的时间/强度。研究人员还表示,通过在同一细胞中创建多个自我靶向向导RNA ,每个向导链与特定的事件关联,我们也可以推测多个事件的发生与否。

 

就现在而言,这个新兴系统最有可能被用于研究人体细胞,组织,或者器官工程。通过该系统记录多个时间,科学家们可以监测炎症,感染,和癌症发展的情况。同时,该系统还能用于研究动物胚胎发育期的细胞分化,环境变化时细胞的情况,以及由于遗传物质变化而引发疾病的时细胞是如何变化的等等。

 

 

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