NCBI原始数据极速下载

今天教一下大家如何更加快速的（可都是Mb/s的速度奥）下载NCBI数据，包括转录组、基因组原始数据SRA文件和基因组组装及注释数据（genome和GFF文件），还有其他NCBI上所有数据大家自己发挥，都能找到，快速下载！

一、window系统

1、软件下载。Aspera Connect下载, 下载地址：http://www./downloads，选择相应版本，安装到本地电脑上；

2、数据网址获得。所有适用于aspera下载的数据均在此网址内http://www.ncbi.nlm./projects/faspftp/，你只需要找到对应的数据点击即可弹出aspera软件下载界面，下载即可（一个一个下，不可贪多奥！）

SRA数据下载截图，找到对应的SRR号，点击黄色部分SRR000001.sra即可完成下载

基因组相关信息网址：找到genome，然后找到对应物种拉丁文即可，注意点击黄色部分向右的小箭头，会翻页的奥！（别找不到自己的物种）

二、linux系统

1. 进入linux服务器，下载aspera。

输入：wgethttp://downloads./download/sw/connect/3.1/aspera-connect-3.1.1.70545-linux-64.tar.gz

将会开始下载。

2. 下载完毕后，解压，输入： tar xvf aspera-connect-3.1.1.70545-linux-64.tar.gz

3. 安装输入：sh aspera-connect-3.1.1.70545-linux-64.sh

4. cd 到/home/usrname文件夹，ls-a就能看到 .aspera

这就是安装的文件夹。

5. 重要一步，添加环境变量，否则不能用。输入  

exportPATH=$PATH:/home/username/.aspera/connect/bin

6. 数据下载。

可以按照这个模板去下载了SRA数据（如果很多可以把所有命令写到一个shell里面，nohup提交睡大觉去就可以了，明早一醒，全部ok）

nohup /home/usrname/.aspera/connect/bin/ascp -i/home/usrname/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T [e-mail].:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/SRR/SRR949/SRR949627/SRR949627.sra./ &    

可以按照此模板下载基因组相关数据

~/.aspera/connect/bin/ascp -i~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T [e-mail].:genomes/all/GCF_000147175.1_CamFlo_1.0/GCF_000147175.1_CamFlo_1.0_genomic.fna.gz./

其中GCF_000147175.1_CamFlo_1.0/GCF_000147175.1_CamFlo_1.0_genomic.fna.gz根据你要下载的基因组改成NCBI FTP上的基因组、GFF和CDS文件名字

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