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求助:如何读GSEA plot图

 zhuqiaoxiaoxue 2016-11-01

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newplayerj
GSEA想说明你的Gene Set是不是statistically significant出现在rank list(你的例子好像是rank by gene over-expression)的靠前或者靠后位置
你图上的几个例子都是说你的Gene Set倾向出现在over expression的一端(假设蓝色表示over expression)
具体说明参考他们2005年的paper
http://www./content/102/43/15545.full
和他们的网站
http://www./cancer/software/gsea/wiki/index.php/Main_Page
http://www./gsea/index.jsp

上面有很详细的介绍

......


图注是 enrichment plots of gene expression signatures of HOTAIR-induced SUZ12, H3K27me3, EZH2, and PRC2
occupancy sorted according to the differences between the means of samples with high and low HOTAIR expression.The barcode plot indicates the position of the genes in each gene set; red and blue colors represent positive and negative Pearson correlation with HOTAIR expression, respectively.
意思是不是说gene set 出现在倾向于 HOTAIR表达负相关的gene中?                                                                                                                                                                                                      

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