由於經脈系統與臟腑系統聯係在了一起，那麼在生理結構上經脈也應該與臟腑有關聯，於是《黃帝內經》描繪的經脈系統中，在大量保留《陰陽十一脈灸經》內容的基礎上，又增加了很多經脈在內臟中走行路線的描述。
例如十一脈中的“齒脈”在十二經脈系統中變為了“手陽明大腸經”，而在臟腑理論中大腸與肺相表裏，所以這條經脈就應該與大腸和肺發生關聯。於是《靈樞?經脈》描繪這條經脈時，在遵照《陰陽十一脈灸經》對“齒脈”記述的基礎上，增加了一段描述：“從‘缺盆’向下進入體內絡肺，穿過膈膜，與大腸連接”，多了一條伸向內臟的分支。
其他經脈在內臟中巡行的描述也大致如此，都是為了體現經脈與其從屬臟腑的關聯而假想出的分支。
可見《黃帝內經》增加的經脈巡行於內臟的內容，大多出自於理論構建的需要，並非出自於實踐。
毫無疑問，從“十一脈”向“十二經脈”的飛躍，有很多內容是建立在空想的基礎上，但也有相當多的證據表明，這次飛躍確實也有大量實踐基礎。
對比馬王堆漢帛、《黃帝內經》、《黃帝明堂經》等書的記載可以發現：“十二經脈”理論實際是將“灸法”與“針法”的兩個體系融合在了一起，是對兩個醫療經驗體系的大整合。
