这神器不能用在心血管疾病？图样图森破……

过节前，叔叔给了你们好多神器，当然，包括这一款G开头的不要钱的神器（不知道的点这里，错过了我可帮不了你呢）。当时就告诉你们这个神器呢，适用于肿瘤的细胞系，于是就有了这样的回复……

真的就和肿瘤相关么？心血管能不能用啊？植物学能不能用啊？图样图森破啊……这种神器不知道高到哪里去了……五一过完了，叔叔就跟你谈笑风生一下这个真·神器。

为啥叫这个是真神器，因为他可以分析各类芯片数据。我们就随便在GEO上搜一个心脏病的芯片来看看哈：

这是搜到的一个心梗的芯片，打开这个芯片：

这次要下载的是“DataSet SOFT file”，下载下来会是一个“.gz”的一个压缩文件。不用管它是什么，下载就是了。

然后打开神器，这玩意打开的就是慢，具体为啥我也不清楚，下面这个界面会有半天，千万不要取消：

然后确认运行：

打开后，点击上面的“文件”（File），然后选择“导入”（Import），选择“GEO SOFT”。

导入下载下来的“.gz”文件。

即可打开这个芯片的热图。

然后选择“Marker selection”，来计算热图：

点击后会弹出这样的菜单，选择“注释”（Annotations）中的疾病，然后A组选择心梗的，B组选择正常。

然后就生成了热图。

我们点击选择其中一个热图中的心梗中表达量较高，正常中表达量较低的基因：FOLR1，这个基因就是可能与心梗相关的基因之一。

但这个基因有啥用呢？我想要知道的是这个基因可能参与到什么通路，或者对其他基因有什么影响。于是我就需要知道与这个基因共表达的基因有什么？于是点击菜单里的“工具”（Tools），选择“Nearest Neighbors”，也就是选择这个基因的共表达基因。

点击后，选择“皮尔森相关性”（Pearson correlation），然后分析。

于是分选出与FOLR1基因相关系数较高的基因，可以看到皮尔森相关系数越高的，越相关。

我们就把这几个基因复制下来，粘贴到Excel上。

然后打开Stitch（http://stitch./），这是一个研究蛋白相互作用的神奇的网站。选择“多个蛋白名称”（multiple name），把刚才那些基因名称bia进去。

即可生成这些基因可能的相互关系，这些基因可能在心梗中有一定的作用。

…华丽丽的分割线…

李莫愁博士：我喜欢用的就是这样的轻工具，凡是可以用轻工具能完成的，就不要去用R语言来解决。这个G开头的神器，也就是“不要钱的Ｏｎｃｏmine”(请手动打字回复，直接复制是无效的，还有不要回复在评论区)。能不能解决除肿瘤外的其他疾病呢？答案是可以的，甚至是植物学的芯片，只要你能在GEO中找到这个芯片，就能进行分析了。是不是很简单？好了，今天就策到这里吧。

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