用R画对称的heatmap

参考资料：

（1）http:///2010/01/21/how-to-make-a-heatmap-a-quick-and-easy-solution/

主要讲heatmap函数怎么用，简单易懂

（2）http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2011/12/12/2285026.html

就是把（1）和其它东西翻译为了中文

（3）http://blog.:8080/archives/2477

目前来说写的最详细的

（4）https://learnr./2010/01/26/ggplot2-quick-heatmap-plotting/

非常详细的左图说明（英文）

R中画heatmap主要有以下几个函数：

（1）heatmap（2）heatmap.2 (3)pheatmap

用heatmap默认的画法会导致行与列的表头并不是对齐在从左上到右下的对角线上，而是从左下到右上的对角线上，因此不好看。比如下面这个图：

这样我们看起来就很别扭，那么推荐还是用heatmap.2或者pheatmap吧。

假设输入数据是这样的：

ID	RF50	RF54	RF100	RF200	RF300	RF350
RF50	1	0.978716	0.881859	0.733384	0.619191	0.563694
RF54	0.978716	1	0.898623	0.752694	0.630872	0.57574
RF100	0.881859	0.898623	1	0.831634	0.702143	0.639212
RF200	0.733384	0.752694	0.831634	1	0.844293	0.768621
RF300	0.619191	0.630872	0.702143	0.844293	1	0.910373
RF350	0.563694	0.57574	0.639212	0.768621	0.910373	1

那么相应的基本代码是：

library(pheatmap)

pearson<-read.delim("e:\\RF\\pearson_heatmap_RF50-350.txt",header=T)

row.names(pearson)<-pearson$ID

pearson_new<-pearson[-1] #去除第一列的表头

mat_pearson<-as.matrix(pearson_new)

heatmap(mat_pearson)

或者：

pearson_heatmap<-pheatmap(mat_pearson,cellwidth = 60, cellheight = 60,fontsize=16, fontsize_row=16)

其中cellwidth和cellheight是设置网格大小，fontsize设置字体大小。用pheatmap的结果如下：