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在读文献做笔记时顺手把文章写了

 解螺旋 2020-08-27

作者:麦子(转载请注:解螺旋·医生科研助手)

现在谁都这么忙,能一口气做完的事情为什么要分两口气。所以不以写文章为目的的读文献,都是耍流氓。

不管你是要写综述,还是写实验研究类的文章,都是从读文献、积累知识开始的。所以带着一个非常功利的目的去阅读,就更容易明确自己想要什么,手起刀落,一斩一个收获。

要把别人的东西变成自己的东西,需经过阅读笔记和分类整理两个步骤。阅读笔记是消化一篇文章的内容,分类整理则是把读过的N篇文章按自己的理解疏理出一个体系,是量变到质变的飞跃。

阅读笔记的层次

做笔记分三个层次,一是信息,二是思考,两者是相依相随的;第三是咱们母语非英语的人,还要适当做点精彩语句的摘抄。当然前两者比较重要,第三看心情。

一篇文章能获取多少信息?

粗略的读过标题、摘要和图表,大概能知道作者研究了什么问题,用什么方法研究,得到了什么结果。用自己的话把这些东西写下来,简短一句就好。

此时可结合自己原有的知识想想,作者的研究方法、实验设计是否合理,能否支持研究结论。尤其是它和自己的课题有什么关系,是结论和观点支持、反对,还是技术上可以借鉴。这些也简单写几句,哪怕随便吐个槽,也是你脑中灵光一闪的记录。

如果选一篇展开阅读,就要对扑面而来的大量细节有所准备。PDF跟传统纸质阅读的区别在于,你可以随意画高光、下划线、写注释。但!千万不要依赖于此,否则不经意就画出满屏的高光,跟不划有什么区别。

大量高光的视觉效果,宁缺勿滥

初读第一遍,可以随意画高光,但读完一个段落仍要注意写总结、分析,写好之后把原来那些高光删掉。除非文本也很重要,像精彩语句摘抄,或者你觉得需要直接引用原文,就可以这样简单标出。

文章中比较有价值的细节信息分两类,一是研究方法,二是论述逻辑。

当你觉得某种方法有必要记下来,要么是初次见面,要么是准备借鉴。于是要记下它的名称,便于检索其他使用同一方法的文献做对比学习;需要用到的材料、设备等资源,评估一下自己有没有条件应用;再归纳描述一下它的实施流程,便于将来具体操作和书写。

对于Discussion中论述逻辑的记录,则是更深入的套路总结。主要留意作者如何阐述实验设计思路,其亮点在哪;如何从结果得出结论;如果遇到某个结果不符合预期,作者又是如何处理,是改变了解读方向还是补了实验;作者下一步打算做什么,或者对本领域有什么展望,如果跟自己的研究内容关系比较大,可以追踪一下,或者成为自己设计课题的突破口。

文献的分类整理

以写文章为目的进行文献分类整理,其实就是形成写作思路、组织材料的过程。具体可通过文件夹和标签(或关键词)两种方式来实现。

文献管理软件中的文件夹,跟操作系统中的文件夹是不一样的,一篇文献可以同时归属于不同的文件夹。这点也跟写文章时很像,一篇文献可能会在不同的地方引用好几次,正好可以按写文章的思路去组织。再说,文件夹是树形结构,是不是很像文章目录?不要怀疑,根本就是!

所以建立文件夹的时候就要严谨,按照预想的文章结构去组织。如果对将来那篇文章暂时没什么感觉,那就在一篇一篇阅读学习的过程中,慢慢理解这个领域的知识脉络,形成自己的研究思路,根据具体情况及时修改组织结构。

标签就比较灵活,任何你能想到的跟文章相关的词语都可以设一个标签,但这也容易变得散乱。所以关于设置标签,有两个建议:

一是同一篇文章的标签要少而精,更不必跟文件夹的分类体系重复。比如,文件夹疏理了某种技术的发展历史阶段,标签就可归纳其应用方式。这样,该技术的发展阶段和应用方式就可自成体系互不干扰。打开某阶段的文件夹,就可以看到它在本阶段有哪些方面的应用。可以理解为,文件夹是文章的小标题,标签则是小标题下的各个段落。

二是文献库中所有文章的标签要统一化、结构化。某些软件会自动提取关键词生成标签,最好把这个选项关闭,或及时阅读之后自己修改。因为自动提取的关键词有可能在不同的文章里写法是不一样的,比如这篇是“Non-Small-Cell Lung Cancer”,那篇是“NSCLC”,都是一回事,但标签变成两个,太多太乱就没了分类管理的意义。

网页版Zotero中的文件夹和标签示例

最好每策划一篇文章就建一个总文件夹,在总文件夹下附一篇总笔记,按文件夹的结构组织总笔记的目录。每次在各个子文件夹之间移动了一篇文献,或给某文献添加了一个标签,都加以记录,写几句为什么这么做。

渐渐地,你读的文章多了,几篇文章之间的联系也串起来了,之前做过的单篇笔记可以适时贴到这个总笔记里,联系上下文改改语句。到最后,这个总笔记会成为你的论文草稿。

突然间你会发现,本来打算花一两个月的时间埋头写文章,这些时间却已经悄悄分散在你阅读准备的过程里了有木有!这些笔记可以直接形成Introduction部分;Method则结合自己的实验稍做修改;Discussion要根据自己的实验结果来,但你原本也对结果有一定预期,读文献时也已经做过思考了,自己实验和整个研究领域是如何联系起来,把那些笔记串起来,再加几句说明自己的成果对本领域的贡献就差不多了。再多花两三个星期整理一下就写好了啊!

好吧,两件事还是分了1.5口气来做的。

管理软件的选择

最常用的三款文献管理软件Endnote、Mendeley和Zotero,基本都能满足上述文献分类、做笔记的要求,但是也有细微的区别,可根据自己的具体情况进行选择。

Endnote的搜索功能比较强大,可以搜索PDF附件上的文本和内置的笔记注释,这就意味着你可以针对文章中的某一段、某一句吐个槽,将来想回顾也能很快找到。还能在软件内直接搜索Pubmed、Web of Science等数据库,并查找全文资源。但它没有文件夹,而代之以类似的结构 “Group”和“Group Set”,只能分这两层。

Mendeley可以搜索PDF附件上的文本和外部笔记,而Zotero只能搜索外部笔记。所以用它们做笔记,你会更快地养成脱离原文,写成“总结+个人分析”的好习惯;如果非要针对某一段写点什么,只好把那段贴到外部笔记里来了。

三款软件,只有Endnote能在搜索框中搜到附件内的笔记

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