ctDNA在非小细胞肺癌（NSCLC）诊疗上的应用

前日我们谈到了《中国晚期原发性肺癌诊治专家共识要点（2016年版）》里面分子病理检测对分子靶点检测的要求。目前医院里面很多还是采用单点的检测，从经济角度讲：按照江苏省医疗服务报价， EGFR 突变检测（亚洲人突变概率50%），2400元；ALK融合（阳性概率3-11%）检测 3600元，一共6000元。还有大概39%以上患者这两项检测都是阴性，需要再增加其他靶向药物的靶点检测。此时再加任何一项检测，总费用都要超过我们的OncoGxSelect 的费用。这还没有考虑检测周期上的浪费。

 

而对于肿瘤标本不可评估的情况，液体活检变得更加重要。ctDNA是由坏死或凋亡的肿瘤细胞释放到循环系统的DNA片段，片段一般是一个核小体的大小，约165bp。这对检测提出新的要求，一般基于Amplicon的检测例如Ampliseq或者qPCR可能Amplicon过大，导致扩增效率低。

Crowley,E. etal.(2013) Liquid biopsy: monitoringcancer-genetics in the blood

Nat.Rev. Clin. Oncol. doi:10.1038/nrclinonc.2013.110

同济大学附属上海肺科医院周彩存教授最近发表在Lung Cancer 上的文章总结了各种液体活检技术的灵敏度和特异性：

与专家共识相同，循环肿瘤DNA（circulatingtumor DNA , ct DNA）中EGFR 基因突变检测具有高度特异性 （IPASS、IFUM和IGNITE研究中的特异性分别为100%、99.8%和97.2%），但敏感度相对较低（分别为43.1%、65.7%和49.6%）。尤其值得注意的是ARMS方法在ctDNA检测方面表现不佳。

 

最近发表的Dana-Farber CancerInstitute的Geoffrey R. Oxnard等发表的文章（Clin Cancer Res; 22(4) February 15, 2016）表明，NGS在ctDNA检测方面有很好的表现，其灵敏度与ddPCR没有显著差异，NGS 为79%，ddPCR为86%。

 

AdmeraHealth的BEST^TM 技术(Blocker-basedEnrichment System for Tumor DNA) 可以实现高度的灵敏度的原理在于用特殊探针封闭野生型DNA，这样突变的DNA就会被相对富集起来，达到用NGS有效检测突变DNA。

 

那么有人问: 单纯测序深度高是否能解决NGS在ctDNA检测中的灵敏度的问题。我的答案是：只能部分解决，但是同样会带来假阳性的问题。NGS本身有一定的错误率，illumina的错误率大概0.1% （Q30）。当测序深度达到上万，结果的可信度就有很大的折扣了。所以某石的10000X测序深度个人不认为可以很好的提高灵敏度。

 

做过EGFR检测的人都知道ARMS方法，ARMS就是扩增突变阻滞系统，采用的也是类似的方法，这样的方法把qPCR检测基因突变的灵敏度提升到0.1%。但是这个灵敏度对于ctDNA检测还远远不够，而现在医院里面检测EGFR往往是用ARMS方法，这也给了医生一个概念就是检测外周血ctDNA的EGFR突变不靠谱，很多漏检，实际上可能是由于ARMS方法的局限性造成的。

 

目前国外常见的方法的灵敏度如下：

 

• Roche Cobas: 5%

• Qiagen Therascreen: 0.5-7.02%

• Foundation Medicine: in trial

• Guardant360: 0.25%

• Admera BEST^TM: ≥0.005%

 

 

AdmearHealth 的BESTTM液体活检技术具有高度灵敏性100% @0.01% MAF；96.05% @0.005% MAF。目前几个位点的灵敏度：

§  EGFR T790M (minimum amount of mutantused = 0.01% MAF)

§  EGFR L858R (0.004% MAF)

§  EGFR 19 deletion (0.01% MAF)

§  KRAS G12 (0.01% MAF)

§  BRAF V600 (0.005% MAF)

 

2016年2月9日Admera Health 的液体活检技术BEST^TM获得了美国CLIA的认证。

Admera Health, (www.admerahealth.com)a commercial stage New Jersey based Precision Medicine and Digital Healthcompany announced today that it has received CLIA approval for its liquidbiopsy cancer test. Approval was granted by the New Jersey Department of Healthand involved the BRAF V600 tumor mutation frequently found in melanoma and alsoobserved in non-small cell lung cancer, colorectal cancer, papillary thyroidcancer, ovarian cancer, glioma and gastrointestinal stromal tumor (GIST). Thisregulatory milestone validates the company’s proprietary BEST? BlockerEnrichment technology which can reliably isolate and amplify circulatingcell-free tumor DNA (ctDNA) fragments in the bloodstream and then, using nextgeneration sequencing technology and advanced bioinformatics analysis systems,identify actionable genetic mutations. With this knowledge, oncologists caninitiate targeted therapy, adjust their treatment, detect early recurrence andidentify new clinical trials to extend the lives of cancer patients. Thecompany expressed its belief that the Admera Health test’s limit of detectionfor ctDNA exceeds other technologies in the marketplace today and confirmed itsongoing efforts to add additional genes to its panel.

新闻链接如下：http://www./news/home/20160209005509/en/