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3DSlicer教程之CTA(一)

 ssiver 2017-04-14
【教程013】CTA (一)

导言  

CTA片提供给我们的是二维的图像,有经验的医师可以在脑中构建成3D影像,分析之后指导治疗。通过CT室的影像工作站我们可以进行一些剪切、3D旋转的操作,进一步了解血管相关的细节,经常去CT室会影响到影像科医生的工作,毕竟工作站只有一个,了解的细节不够就需要DSA。现在不同了,因为有了开源免费的3D Slicer。本教程开始进行CTA的系列讲解,希望能对大家有所启发。再次重申,3D Slicer目前只作为科学研究,因学习本教程应用于临床所导致的一切后果与本教程编辑人员无关,属于个人行为,后果自负。CTA系列教程以GE 64128CT原始扫描数据(刻录光盘)为例,操作系统为Wondows 10、CPU i7 6700K、GPU GTX 1060 6G、内存16G、SSD 128G(并非推荐)。

01数据分析

GE 64128CTA原始刻盘数据为例进行分析,见下图光盘文件中DICOM为数据文件目录,DICOMDIR为索引文件,INDEX为网页格式的索引文件。

DICOMDIR是一个可变长度迷你Database文件,可以理解为指向Dicom文件的索引文件。通过解析DICOMDIR文件,可以解读出病人信息(Patient)、检查信息(Study)、序列信息(Series)和初步图像信息(Image),以及文件的存放位置等。部分DICOM图像浏览编辑软件通过调取DICOMDIR即可进行数据读取及编辑,3D Slicer貌似不支持这种方式,我们通过INDEX文件进行数据分析。

如下图可进一步了解患者的基本信息及DICOM序列的相关信息

目录/DICOM/PA0/ST0/SE8中的1138DICOM数据文件是以0.625mm层厚扫描的注射造影剂前后数据,见下图File name(文件名称)的排序与Slicer层面并不是一一对应的,C-/C+数据混在一起导致3D Slicer不能正确读取数据。

通过XnConvert软件进行分析可知IM0~IM568为注射造影剂前图像(C-),IM569~IM1137为注射造影剂之后图像(C+)。

下图所示为CTA工作站减影处理后的DICOM图像序列,目录为:/DICOM/PA0/ST0/SE11,包含有569DICOMIM0~IM568)数据文件。


下图所示序列为以5mm层厚扫描注射造影剂前后的DICOM数据文件,其中IM0~IM71C-数据,IM72~IM143C+数据。


至于其他目录有CTA处理后保存的图像、团注测试等数据我们不做分析。

一般情况下只要选取减影后图像序列在Volume Rendering模块中通过调节参数及ROI查看即可。有些工作站不提供减影图像序列,或者减影后血管细节有损失,又或需要查看动脉瘤与前床突等骨性结构的关系时,就要应用到0.625mm原始数据进一步处理。

02数据导入

0.625mm扫描数据IM0~IM568C-),IM569~IM1137C+)分开存放在不同的目录,分别读取并转存成其他文件格式(如nrrdinn.gz),至于原因这里不做分析,感兴趣可以自己测试。

读取0.625mm C- 文件如下图,读取速度超过3分钟,如果用软件Mango读取时间不到半分钟(可参见文末链接3D Slicer教程002数据导入)。

通过Save菜单或快捷键Ctrl+S储存文件名称为CT_0625_C-.nrrd

Volume Rendering模块中查看CT_0625_C-并调节ROI如下图

读取0.625mm C+文件如下图,通过快捷键Ctrl+S储存文件为CT_0625_C+

Volume Rendering模块中查看CT_0625_C+并调节ROI如下图

03数字减影

注射造影剂前后影像区别是血管是否显影,这样通过模块Subtract Scalar Volumes可以进行减影,设置界面如下图:Input Volume 1Input Volume 2分别填入要进行减影操作的两个文件CT_0625_C+CT_0625_C-Output Volume选择选项Create new Volume as并命名为CTA或其他名称。

Volume Rendering中查看CTA并调节ROI如下图

未完待续

3D Slicer系列教程

001  软件安装及设置

002  数据导入

003  MRA实体重建

005  颅内病变体表定位

004  血肿建模(一)

006  血肿建模(二)

007  血肿建模(三)

008  血肿建模(四)

009  血肿建模(五)

010  血肿建模(六)

011  血肿建模(七)

012  血肿建模(八)

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