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常常，有童鞋来问，我要对基因做个GO分类，我要画个生物通路，怎么弄？ 讲真，如果你是研究Human（或者mouse, rat）的，你还只想着用GO或者KEGG，你真的是太OUT了！ 很多时候，一个基因涉及的生物过程或功能是很复杂的，只做GO,KEGG分类根本满足不了深度注释的需要。 如何才能更有效地进行基因注释和关联分析，今天，我就给大家推荐一款相当强大易用的人类基因组注释数据库，而且，它对学术用户的还是免费的！ 它的名字叫Genecards!  到2016年7月份Genecards已经收录并整理了149,991个人类基因的数据。这可不是一件容易的事情！ 首先来说查询功能。比如输入一个基因的名称，所有公共数据库（以及一些商业数据库）里有关该基因的描述信息都被分门别类地整理出来了，你只需要点击你最关心的那些内容，就可以展开查看。   是不是比KEGG的通路还齐全？ 事实上，Genecards也整合了KEGG的通路，但经过大量的整理，并结合了其它一些重要的通路数据库。为了让大家用起来方便，它提供多个数据库的动态链接，可以免去我们不熟悉各种不同数据库的麻烦。 所以，当我们点开一个生物通路时，你直接就可以看到以下的界面：   不仅有漂亮的生物通路图，你还可以得到定制化的相互作用网络！ 细心的童鞋会发现，除了KEGG，Reactome等公共数据库，通过Genecards你还可以查阅一些收费数据库的信息，比如PharmGKB，GeneGo等。有没有觉得赚到了？ 再比如，我们点击“Function” 就可以得到各个数据库对该基因功能的总结，比GO全多了吧？   如果你想知道这些关于基因的注释信息是从哪里来的，很简单，点击“Publications”，参考文献就帮你列出来了，是不是查文献的工作都省了！  再或者，你是研究特定基因与某种疾病的关系，那么，点击“Disorders”，所有报道过的与该基因相关的疾病你都可以查阅到，还包括参考文献！有没有很给力？ 整合的疾病数据库包括 MalaCards, OMIM, UniProtKB, DISEASES database, Clinvar, Orphanet, Novoseek, Genatlas, GeneReviews, GeneTests, GAD, HuGENavigator, TGDB 等。够全面够强大吧！   如果你对治疗疾病的药物也感兴趣，只需要点击“Drugs”，就可以得到来自DrugBank, ApexBio, DGIdb,FDA Approved Drugs, ClinicalTrials.gov, PharmGKB , IUPHAR, HMDB, BitterDB, Novoseek等数据库的药物信息，参考文献也是一篇不落地展示给你。 如果你很好奇Genecards里到底收集了多少数据库的信息，没问题，下一张图告诉你：  为啥说Genecards是最全最好用的注释数据库，现在你知道它不是浪得虚名了吧？ 重要的事情再说一遍，这么好的数据库，对学术用户还是免费的！ http://www./ 学会了要记得分享哦～ 更多精彩内容，请访问www.cloudscientific.com咨询！ 最后说一句，关于好用的数据库，我们打算开一个系列的专题来介绍，如果不想错过这些精彩内容，一定要记得关注我们的公众号哦！ 了解更多行业动态以及最新资讯，请关注下面的克里克学院微信公众号： |
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来自： 风雨兼程dy6tij > 《基因组学》
