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受到气候和自身地形地势的影响，青藏高原的河流发布除东南部降水丰富外，内陆区的河流补给主要依靠冰川融化和积雪的融化。区域内冈底斯山、念青唐古拉山、巴颜喀拉山和祁连山是内外水系分界线。这条内外水系的分界线将青藏高原的河流分为内流区和外流区两个部分。内流水系主要位于高原的西北部，主要是柴达木盆地和羌塘高原及局部小块的封闭湖盆，大多是内流河的河水会注入这些洼地中，形成为数众多的咸水湖；外流区主要位于高原东部和东南部，如注入太平洋的黄河、长江，以及注入印度洋的西南水系如雅鲁藏布江、怒江等。
外流区可分为长江水系、黄河水系和西南水系长江和黄河均注入太平洋，属于太平洋水系；西南水系有四个分支，包括恒河、雅鲁藏布江、怒江、澜沧江和印度河（起源于藏南西南边缘），均注入印度洋，属于印度洋水系。在外流河水系中，雅鲁藏布江、长江、黄河支流众多，流域宽广，是青藏高原最重要的外流水系类型。由于外流水系大多起源于藏东南或东部，所以其补给的主要方式是雨水补给。因此与内流河相比，外流河水量巨大，流程也长，其流经地的两岸，常因为堆积、侵蚀而形成大小不一的冲击平原或台地。
由于受到高大山脉的阻挡，暖湿空气难以到达内流区域，降水稀少；而日照充足，又使得蒸发量相对较大，因此内流河大都径流量较小流程较短；内流河大多以冰雪融水为主要补给水源，因此季节性变化明显，冬季普遍结冰，夏季为汛期，常发生断流现象，也就是说间歇性河流多；因内流河大多是注入洼地和盆地，因此形成了数量众多的咸水湖泊，如著名的纳木错、青海湖等。
主要河流
青藏高原是中国众多河流的发源地，东部和南部的边缘山区河网密集，较大的外流河有属于印度洋水系的朋曲、怒江、雅鲁藏布江及属于太平洋水系的澜沧江、黄河和长江等大河的上游段。
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怒江
怒江又名潞江，古称泸水、黑水，为中国西南地区大河之一。它发源于青藏边境唐古拉山中段南麓，向南流经西藏东部和云南西部。
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雅鲁藏布江
雅鲁藏布江是世界上海拔最高的高原大河之一，流贯在青藏高原南部、喜马拉雅山脉和冈底斯山脉之间。
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澜沧江
澜沧江是中国西南地区大河之一，源出青海湖唐古拉山、纵贯西南西南部和东部，在云南西双版纳傣族自治州南部流出中国国境。
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黄河
黄河发源于巴颜喀拉山北麓的各姿各雅山，其海拔4980米，以卡日曲为正源，向东北和扎曲、玛曲汇合后，东流注入鄂陵湖、扎陵湖。
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长江
长江源于世界屋脊的唐古拉山主峰格拉丹东南侧的冰川，海拔6621米，是唐古拉山脉最大的冰川分布中心。
主要湖泊
青藏高原的湖区共有大小湖泊1500多个，其中大于10平方公里的湖泊有346个,总面积为42816；面积1平方公里以上的湖泊有1091个，面积44993.2平方公里，约占全国湖泊总面积的49.5%。该区域湖泊以盐湖和咸水湖为主，较著名的湖泊有鄂陵湖、察尔汗湖、青海湖、纳木错湖等。
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班公湖
班公湖是青藏高原西部与克什米尔地区交界的国际性湖泊，南北宽约15公里，东西走向，长约155公里，面积约2300平方公里，湖面海拔4242米。
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纳木错
纳木错全名纳木错秋莫多古贡扎玛，位于念青唐古拉山的北面，班戈县和当雄境内，海拔4718米，面积约1940平方公里，是中国第二大咸水湖。
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色林湖
扎加藏布河注入色林湖，湖水面积1640平方公里，湖面高度4530米，湖水矿化度18.27700毫克/升，是中国第三大咸水湖。
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青海湖
青海湖古称西海，蒙古语称“库库诺尔”，意为“青色的湖”。位于青海省东北部日月山、大通山、青海南山之间。系断层陷落所成，是中国最大的内陆咸水湖。
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