为防止畜禽污染，动物卫生监督管理局采取四项措施。
一是制定合理规划布局，严格执行畜禽养殖准入审批制度。合理规划生态畜牧业发展区域布局。规划中西部为家禽业优势集聚区、中东部为生猪业优势集聚区、农高区为畜产品精深加工区。严格执行畜禽养殖准入审批制度和环境影响评价制度，项目选址必须经市农规会批准，符合城镇建设总体规划、畜牧业发展规划、生态环境功能区规划和动物防疫条件，严格执行“三同时”制度，从源头上控制畜禽养殖污染。
二是按照畜禽粪污减量化、无害化、资源化的要求，加速完成现有养殖场污染治理设施建设，规范养殖行为。每年完成15家规模化养殖场粪污治理和10个重点村病死动物无害化处理建设工程。
三是划定禁养区和限养区，对禁养区养殖场关停或者搬迁。动监部门做好调查工作，在2017年底前完成关停或搬迁工作。
四是建设病死畜禽无害处理设施，对规模以上的畜禽养殖场及养殖重点村建设病死动物无害化处理设施，对小型养殖场设立病死动物收集点。2017年底前动物无害化处理中心建设，实现年处理病死畜禽1万吨以上，同时做到有机废物循环利用。完善无害化处理中心运行机制，制定相关制度，防范收储、运输过程中疫病传播风险。
