还在用Primer Premier 5? 来试试Primer Premier 6 吧

Primer Premier 5恐怕是做过引物设计的同学都知道的软件了，但是已经是N多年前发布的软件了。最新的是Primer Premier 6. 本文介绍如何安装Primer Premier 6，以及一些入门教程。

安装教程

1 首先下载Primer Premier 6 安装文件包，下载地址在文末，或者登陆http://www./tools/software。下载之后解压缩文件，存在三个文件/文件夹：

2  如果你的系统是32位的先安装jre-8u131-windows-i586.exe；如果你的系统是64位的安装jre-8u131-windows-x64.exe。

3 接下来打开primerpremier-6文件夹，安装PP600Installer.exe，选择安装位置，默认地址为：C:\ProgramFiles\Primer Premier 6.0\，我们选择D盘：D:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0.

4 拷贝primerpremier-6文件夹下面的patcher，复制到：D:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600。

5 按一下Win+R键，输入cmd。出来命令窗口，首先我们输入 'cd /'（中间有一个空格） 回到C盘根目录，然后输入'cd /d d:'（cd与/d之间有一个空格，/d与d:之间有一个空格）回到D盘下，然后输入'cd '(cd后加一个空格)，之后找到D:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600 这个文件夹，在地址栏复制地址，然后回到命令窗口复制，之后回车。最后输入“java -jar patcher.jar'即可破解。

  使用入门  

1 我们在NCBI上面找到目的基因序列，我们以p53为例，找到p53的mRNA的CDS序列。

2 我们在Primer Premier 6中新建一个序列，把p53的序列复制过来

3 点击工具栏的导出序列选项，我们可以选择导出序列的单链/双链，按照3个碱基一起输出或者按照10个碱基一起输出。这点功能在设计截断或者点突变引物的时候十分有用。

4 导出来之后我们可以查看如下，选择的是3个碱基一起，双链导出。

5 在工具栏里还有3/10个碱基预览窗口，以及单链双链预览窗口

6 当然Primer Premier 6重要的功能还是设计引物，我们点击引物按钮：

设置好参数之后，我们点击Search按钮，得到了如下的信息：

上图中只是展示了评分最高的一条引物，我们可以查看更多的引物，点击右边的”All Primers':

7 之后我们在序列上右键，可以选择导出引物以及导出引物的产物

8 Primer Premier 6的方便的功能在于在线获取序列，通过输入Accession /GI numbers就可以直接获取序列，但是遗憾的是破解版屏蔽了网络连接，无法实现在线获取功能。土豪们请直接购买软件，然后就能享受更便捷的操作了。

PS：个人感觉Primer Premier 6功能并没有想象的强大，其在线获取序列功能确实比较方便，也增加了SNP等分析。但是去掉了酶切位点分析，这是一个大问题，希望在以后的版本中能够重新加入。

下载方式：在公众号里面输入“primer6”就能得到下载方式啦，输入“primer5'就能下载primer 5

作者：sarcoma