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如何快速地分析基因结构和基因家族?

 微笑如酒 2017-07-11

TBtools一直在更新,开发者CJ最近增加了一个新的工具——(快速)绘制基因结构图,可以快速分析基因结构。今天我们来详细介绍一下这个工具的使用方法~


使用TBtools绘制基因结构图,需要准备至少一个,最好两个输入文件:


  1. 基因结构注释文件,或者是gff3文件 或者是 gtf文件;

  2. 可选的 需要展示的基因ID列表,可附带增加自定义的结构域注释信息。支持蛋白坐标直接转换为实际gene上的坐标


写再多的使用说明都不如一个示例,毕竟是个GUI工具。下面以拟南芥MYB基因家族为例,展示一下批量输出的步骤。




首先下载和准备TBtools需要的输入文件在本例中是拟南芥的GFF3文件)。


ftp://ftp.arabidopsis.org/home/tair/Genes/TAIR10_genome_release/TAIR10_gff3


准备拟南芥所有MYB的ID 列表,也可以不准备,不过就需要自己先筛选并且只保留MYB相关的拟南芥的记录,点击跳转,拟南芥有168个MYB,如果要用GSDS_v2在线输出结果,那么可能会达到文件上限,于是就做不了,这个时候,你需要做网页工具本地化,还是可行的;不过TBtools更方便,只要给够内存,无限个都可以做



出图并直接调整图片大小。




在TBtools中直接进行图片调整,改变高度或者取色器直接修改颜色。



当然,支持自定义Feature是必须的。

  1. 支持输入mRNA/pre-mRNA对应的坐标,这样就直接展示序列上,无论指定的区域是否是CDS 还是 UTR 还是 Intron

  1. 支持输入Protein对应的坐标,比如pfam结果,NCBI cd-search结果,或者其他基于蛋白序列分析,得到的一个区域,TBtools内部会进行自动转换,并映射到CDS上




附上一个课题组秒出的图,中间和右边部分,发工具过去,等几秒,收到QQ消息……

秒出 !!!


还有隐藏功能!!!点击某处,弹出序列,惊不惊喜,意不意外?



最新版的TBtools下载地址:

http://www./forum/thread-1062-1-7.html


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