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第一章：绪论（2课时） 1.1 课程介绍 1.2 探索生物信息学神秘岛 1.3 生物信息学是神马 1.4 这门课学神马 第二章：生物数据库 第一部分（2课时） 2.1 为什么需要生物数据库 2.2 生物数据库分类 2.3 文献数据库：PubMed 2.3.1 Pubmed基本使用 2.3.2 Pubmed高级搜索 2.4 一级核酸数据库 2.4.1 GenBank：原核生物核酸序列（1） 2.4.1 GenBank：原核生物核酸序列（2） 2.4.2 GenBank：真核生物核酸序列mRNA 2.4.3 GenBank：真核生物核酸序列DNA 2.4.4 基因组数据库：Ensemble 2.4.5 微生物宏基因组数据库：JCVI 2.5 二级核酸数据库 第二章：生物数据库 第二部分（2课时） 2.6 一级蛋白质序列数据库：UniProtKB 2.6.1 UniProt数据库介绍 2.6.2 UniProtKB数据库注释解读（1） 2.6.2 UniProtKB数据库注释解读（2） 2.7 一级蛋白质结构数据库：PDB 2.7.1 PDB数据库介绍 2.7.2 PDB文件注释解读 2.7.3 PDB文件3D展示：Jsmol 2.8 二级蛋白质数据库 2.8.1 蛋白质结构域家族数据库：Pfam 2.8.2 蛋白质结构分类数据库：CATH 2.8.3 蛋白质结构分类数据库：SCOP2 2.9 专用数据库 2.9.1 京东基因与基因组百科全书：KEGG 2.9.2 人类孟德尔遗传在线：OMIM 第三章：序列比较 第一部分（2课时） 3.1 认识序列 3.2 序列相似性 3.3 替换记分矩阵 3.3.1 DNA序列的替换记分矩阵 3.3.2 蛋白质序列的替换记分矩阵（1） 3.3.2 蛋白质序列的替换记分矩阵（2） 3.3.3 一致度和相似度的计算 3.4 序列两两比较：打点法 3.4.1 打点法的用途 3.4.2 Dotlet在线打点工具：界面介绍 3.4.3 Dotlet在线打点工具：实例 3.5 序列两两比较：序列比对法 3.5.1 双序列全局比对及算法 3.5.2 双序列局部比对及算法 3.6 一致度和相似度的正确算法 第三章：序列比较 第二部分（2课时） 3.7 在线双序列比对工具 3.7.1 EMBL双序列比对工具：全局比对工具 3.7.2 Gap的类型及分值设置 3.7.3 EMBL双序列比对工具：局部比对工具 3.7.4 其他在线双序列比对工具 3.8 BLAST搜索 3.8.1 BLAST是怎么工作的？ 3.8.2 BLAST的种类 3.8.3 NCBI：BLASTp 3.8.4 NCBI：PSI-BLAST 3.8.5 NCBI：PHI-BLAST 3.8.6 其他BLAST 第三章：序列比较 第三部分（2课时） 3.9 多序列比对介绍 3.9.1 多序列比对的用途及算法 3.9.2 多序列比对的注意事项 3.10 在线多序列比对工具 3.10.1 EMBL 多序列比对工具：Clustal Omega 3.10.2 TCOFFEE 多序列比对工具：Expresso 3.10.3 多序列比对的保存格式 3.11 多序列比对的编辑和发布：Jalview 3.11.1 Jalview的介绍和操作 3.11.2 Jalview的编辑和发布 3.12 寻找保守区域 3.12.1 序列标识图：Weblogo 3.12.2 序列基序：MEME 3.12.3 PRINTS指纹图谱数据库 第四章：分子进化及系统发生（2课时） 4.1 概述：智慧设计论、拉马克主义、达尔文主义 4.2 基本概念：进化史、分子进化、三种不同的homologs、基因平移与网状树 4.3 系统发生树：基本概念、有根树与无根树、物种树与分子树 4.4 系统发生树的构建：方法、软件的选择、序列的选择 4.5 用MEGA5建NJ树 4.6 用MEGA5建ML树 第五章：蛋白质结构预测与分析 第一部分（2课时） 5.1 蛋白质的结构 5.2 蛋白质二级结构 5.2.1 DSSP指认二级结构 5.2.2 PDB获取二级结构 5.2.3 软件预测二级结构 5.3 蛋白质三级结构 5.3.1 PDB获取三级结构 5.3.2 三维结构可视化（1）软件介绍，VMD：file & mouse 5.3.2 三维结构可视化（2）VMD：representation 5.3.2 三维结构可视化（3）VMD：multiple representations 5.3.2 三维结构可视化（4）VMD：display & lable 第五章：蛋白质结构预测与分析 第二部分（2课时） 5.4 计算方法预测三级结构 5.4.1 同源建模法：SWISS-MODEL 5.4.2 穿线法：I-TASSER 5.4.3 从头计算法：QUARK 5.4.4 综合法：ROBETTA 5.4.5 模型质量评估 5.5 三级结构的比对 5.5.1 SuperPose叠合和RMSD 5.5.2 SPDBV和选择叠合 5.6 蛋白质分子表面性质 5.6.1 VMD创建PSF文件 5.6.2 VMD&APBS计算表面电荷分布 5.6.3 VMD显示表面电荷分布 第五章：蛋白质结构预测与分析 第三部分（2课时） 5.7 蛋白质四级结构 5.7.1 获取四级结构 5.7.2 蛋白质-蛋白质分子对接：ZDOCK 5.7.3 蛋白质相互作用分析：PDBePISA 5.7.4 蛋白质-小分子分子对接（1）：AutoDock的安装 5.7.4 蛋白质-小分子分子对接（2）：AutoDock的使用-预处理 5.7.4 蛋白质-小分子分子对接（3）：AutoDock的使用-对接 5.7.5 虚拟筛选（1）：介绍及ZINC数据库 5.7.5 虚拟筛选（2）：AutoDock虚拟筛选 5.7.6 反向对接 5.8 分子动力学模拟 第六章：基因组学与蛋白质组学（2课时） 第七章：统计基础（1课时） 第八章：基本序列算法（1课时） 8.1 后缀树 8.2 最高分子序列问题 第九章：数据挖掘（2课时） 9.1 什么是数据挖掘（1）：概念介绍 9.1 什么是数据挖掘（2）：应用举例 9.2 数据库系统 9.3 机器学习 9.3.1 机器学习的主要任务、K次交叉检验 9.3.2 机器学习的常见算法 9.4 WEKA的使用 9.4.1 WEKA中的术语 9.4.2 WEKA的数据类型 9.4.3 ARFF文件格式的转化 9.4.4 WEKA的使用 9.4.5 WEKA的应用实例 第十章：编程基础和网页制作（2课时） 10.1 Linux系统 10.2 Perl语言 10.3 网页制作HTML |
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