手把手教你在Pubmed上查询蛋白功能域

对于所要研究的新基因，如何预测蛋白功能域呢？可以通过以下两种方式：

（1）比较未知蛋白序列与已知蛋白质序列的相似性。 

（2）查找未知蛋白中是否包含与特定蛋白质家族或功能域有关的亚序列或保守区段。

第一部分：基因相似性查询

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进入pubmed，选择protein，输入基因名称，比如p53。

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根据所要查询的物种，比如查询人鼠蛋白相似性，获得蛋白质GI号。

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点击进入Pubmed BLAST,选择protein BLAST。

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将蛋白质GI号分别输入搜索栏，点击BLAST。

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如图所示，获得蛋白质序列比较结果，人鼠p53序列相似性为77%。由于蛋白质有不同长度转录本，建议比较不同的转录本。

第二部分：蛋白质功能域查询

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进入pubmed，选择protein，输入基因名称，比如p53。

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获得所要查询物种蛋白质序列的FASTA格式。

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点击进入Pubmed BLAST,下拉网页进入CD-search。

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将所获得的FASTA格式蛋白质序列输入搜索栏，点击submit。

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输出结果如下，P53包含3个功能域，P53 super family, P53_tetramer以及 P53_TAD。

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点击P53 super family前【 】可查看该功能域的简介以及功能，同时可以查看该功能域起始位置。

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