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Sanger测序峰图怎么导出?

 微笑如酒 2017-08-16

在一些NB文章中经常看到Sanger测序峰图,峰图的具体用法可以参考下面几篇文章:Naturebiotechnology, 2015, 33(5): 445-449(下图,左); Genome Res.2016 26: 499-509(下图,右上); PLoS Genet 10(4): e1004274(下图,右下)。


很多软件都可以打开Ab1文件查看峰图,比如常见的BioEdit、SnapGene、Chromas。但这三个软件都没有明确的 “图片另存为”或 “Export Graphs” 这样的命令。那么,该如何导出图片呢?


“可以截屏啊”,朋友告诉我。


但是由于电脑屏幕的分辨率一般较低,截图获得的图片太小,品质达不到杂志要求。今天就以Chromas版本2.6.4)为例,介绍一种高质量峰图导出的方法(BioEdit和SnapGene的方法完全一样)。


嗯,Chromas为免费的软件,可在官网http:///wp/chromas/下载。



1. ab1格式文件的准备


送样测序后,测序公司一般会给两个格式的文件,seq格式的文件是单纯的碱基序列,另一个ab1格式的文件就是这里我们所需的峰图文件(见下图)。



2. 峰图的显示与导出


首先,通过Open按钮打开ab1文件,峰图的显示如下图。



接下来,点击Print按钮或File\Print(快捷键:Ctrl+P),打开打印对话框,如下图,Printer: Name选Adobe PDF(1),接着点击Propeities按钮(2),设置打印属性。



在布局选项卡将页面的方向改为横向(3)。



页面大小为A4即可(注意也可以选A3或更大,使目标序列片段不出现中间”换行“,以便后期截取目标片段),其他选项默认。



回到Print窗口,点击“OK”按钮,选择导出PDF到桌面,下图为部分峰图。



等一下,这里导出的文件是PDF,可是我想要JPG或tif格式的图片怎么办?其实,PDF也是一种图片格式,这里导出的PDF为矢量图,Adobe 公司的Acrobat 、Photoshop、illustrator都可以用来另存为所需格式的图片或者进行编辑处理。


3. 可能遇到的问题


在点击Print命令后,遇到弹出安装打印机的提示框,如下图所示,说明本地打印后台处理程序服务没有开启(一般开机自启动)。




本地打印后台处理程序服务一般开机自启动,可手动开启或者重启电脑。手动开启的方法见下图:



小结


主要通过序列查看软件的print命令,生成PDF格式的矢量图。PDF文件可用Adobe acrobat 、Ps、Ai等编辑或转化所需的图片格式。此外,Chromas每种碱基对应的峰都位于单独的图层,可编辑。三个软件峰图截取效果如下图,BioEdit导出的峰图也为矢量图,可编辑;而SnapGene导出的峰图由4张位图拼成一页,图片可编辑性较差



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