三姓向为重镇,又是松花江水路干线的中继要港。1905年(光绪三十一年),吉林将军上奏:“三姓一城,为吉江(吉林、黑龙江的简称)门户,又为松花、牡丹两江汇流东下之区,地多沃壤,户口殷繁”,请求设置府治。1906年2月15日(光绪三十二年正月二十二日)获准,设置依兰府,隶于滨江关道。知府于同年8月2日(农历六月十三日)启用依兰府关防。1909年6月2日(宣统元年四月十五日),清廷批准,于依兰府城设置东北路兵备道,管理依兰、密山、临江(今同江)一带边务及东北沿边兵备事宜,并管理依兰等处关税、交涉事宜,同时裁撤三姓副都统。
(俄据时期的依兰市街)
(日据时期的依兰市街)
1913年3月,依兰府改为依兰县。1914年6月,将东北路道改为依兰道,依兰县隶属依兰道管辖。1929年2月,撤销依兰道,由吉林省直辖。全县总人口16.4万人,时为二等县。东北沦陷后,初隶吉林省,1934年12月改隶三江省管辖。
1945年“九三”抗日战争胜利后,依兰县隶属合江省管辖。1947年春,将土龙山、宏克力一带划出,于土龙山设置依东县;将双河一带划出,于双河区设置双河县;将刁翎、三道通一带划出,于刁翎区设置刁翎县。原依兰全境“一分为四”。1948年6月,撤销依东县,将其北部宏克力一带划归依兰县,将其南部土龙山一带划归桦南县。1949年5月,撤销合江省,依兰县改隶松江省管辖。1954年8月,松江、黑龙江两省合并后,隶属黑龙江省管辖,划入合江专区。1985年1月,正式撤销合江地区,改由佳木斯市领导。从1991年4月1日起,划归哈尔滨市领导。