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今天的主题是TCGA 作为目前最大的癌症基因信息的数据库 Cancer Genome Atlas/TCGA可能蕴藏着难以想象的宝贵信息
这个大型的多组学癌症研究项目的组织形式 需要多机构与单位的协作 TSS BCRs DCC[数据协调中心 在数据管理中处于中心位置] GSCs[测序] 等等 Barcode https://cancergenome. https://portal.gdc. 数据存放地址 目前改为GDC下载 https://dcc. 可以在线查看一些统计信息和简单的可视化图表 组学数据包括基因组突变 转录组 CNV 甲基化等 数据很多目前有14000多个公开的 case 数据等级：一般只能拿到高LEVEL的，原始数据需要申请， 不只是组学的信息，clincal的数据还包括病人个体的信息，治疗以及生存时间的信息等 最后 分享一些学习资料 1.两个好用的在线可视化工具 http://gepia. http://www./ 2.其他数据下载方式 R 包 TCGA2STAT TCGABiolinks
重磅资料： http://csbl.bmb./mirrors/JLU/DragonStar2017/download.html 2017龙星计划全套课件下载 R脚本+PPT【理论 + 上机】
http://csbl.bmb./mirrors/JLU/ 徐鹰老师本人同意无偿共享资料 同时欢迎大家关注龙星计划生物信息学课程 |
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