|
▎药明康德/报道 每年全世界有超过1400万患者被诊断患上癌症，其中大多数患者在确诊时肿瘤已经处于晚期或已经扩散。这时无论是手术还是药物治疗的效果都不佳。如果可以提早诊断，就有望提高癌症生存率。 基于分析血液循环细胞DNA(cell-free DNA，cfDNA)的液体活检(liquid biopsy)正在逐渐成为新一代癌症的诊断方法。该技术的原理是癌症患者的cfDNA中含有肿瘤细胞释放的循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA, ctDNA)。与高通量测序技术(NGS)和先进算法相结合，研究人员已经能够通过ctDNA检测确定肿瘤中的基因变异。但是这一手段目前大多被用于分析晚期癌症患者的肿瘤。早期肿瘤释放到血液中的ctDNA片段数目非常稀少，对液体活检技术的应用产生限制。 ▲循环肿瘤DNA（ctDNA）是肿瘤细胞释放到血液中的DNA片段，有可能反应整个肿瘤基因组，因此具有临床应用潜力。(图片来源：维基百科) 近期，约翰霍普金斯大学(Johns Hopkins University)医学院的研究人员开发出一种称为靶向错误矫正测序(targeted error correction sequencing, TEC-Seq) 的超级敏感的ctDNA检测方法，有望解决癌症无创早期检测的难题。这项研究发表在近期的《Science Translational Medicine》杂志上。 TEC-seq 是基于肿瘤组织的检测原理开发出的ctDNA的检测方法。它对结直肠癌、乳腺癌、肺癌、卵巢癌等癌症类型中最常出现58种致癌基因进行深度测序和分析。这58个基因片段总长只有80930个碱基对，但是测序深度达到30000X。除了深度测序以外，研究人员还对测序流程做出了一系列改进来提高检测的灵敏度。其中包括：优化测序库的生成和靶向片段的捕捉，通过加入少量外源条形码(barcode)最大化独特ctDNA在测序库中的呈现可能，以及在后期分析时过滤掉测序错误和其它原因导致基因变异。 ▲TEC-Seq方法示意图（图片来源：参考资料[1]） |
|
|
