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PANDA姐的docker学习笔记-1

 ABCmedic 2017-08-27


centos系统安装

下载安装镜像1

axel https://mirrors.aliyun.com/centos/7/isos/x86_64/CentOS-7-x86_64-DVD-1611.iso

# 千万不要下载Live开头的,坑死!!!没有安装步骤,不能修改。

系统安装

在旧电脑上安装双系统后,捣鼓了一晚上的KDE桌面,纯属好奇心作怪,其实最小安装就够了,只需要命令行界面就够了。也可以在安装虚拟机,应该也可以。我两种都捣鼓了一次,生命在于折腾嘛~

修改系统源配置文件

docker安装和使用

docker安装3

docker启动

docker使用

运行镜像,创建一个容器,进入交互式界面: 

该镜像的dockerfile,是创建镜像的一种方法:

最后,我检查了容器里安装了R、python、hisat2、sratoolkit、stringtie、git等一些转录组相关的软件,因为容器是一次性的,你关掉就会没有了,如果你在该基础上又安装了一些软件,例如fastqc等等,可以用docker commit来保存更改后的容器为镜像。此外,如果要用docke来分析数据,可以把数据文件目录和工作目录挂载上去。至于,用于发表文章重复的数据,如果都放在镜像里会导致镜像太大,可以编写使用教程,让使用者自动下载或者编写程序使用者可以在容器内一键下载文章数据,接着按分析步骤运行即可。

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