【原】芯片+分析+PCR=SCI5分文章：高性价比的临床样品lncRNA研究套路

作者：Dr.饕餮

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长链非编码RNA（lncRNA）是一类长度大于200nt的非编码的RNA分子，其数目远远大于编码基因数，现在发现的长链非编码RNA的作用方式非常多样。

特别的是，长链非编码RNA在多种疾病中被证明有独特的表达模式，具有重要作用，也可以作为潜在的分子标志物。

因为其在不同疾病中具有比mRNA更独特的表达模式，近年来，关于长链非编码RNA在不同疾病中的表达芯片研究成为的研究热点，对于拥有很多临床样品收集机会的医院科研工作者，长链非编码RNA的表达芯片更是成为了进入科研领域和发表文章的实惠之选，往往只通过表达芯片和分析加上PCR的验证就可以发表高点数SCI文章。

今天，就带大家来了解下lncRNA表达芯片的研究套路。下面，就通过一个例子带大家了解一下lncRNA表达芯片是怎么研究的：

这是一篇中国学者今年发表在Oncotarget（IF=5.16）上的文章（回复关键词070903可下载该文献原文）

第一步（芯片）：首先，是选择一种合适的疾病类型

当然，没人报道最佳。来看看文章，研究者选择的是非小细胞肺癌的一种亚型：肺鳞状细胞癌（lung squamous cell carcinoma；LSCC），其早期阶段缺乏灵敏的诊断标志物（此类疾病诊断标志物的研究尤其适合长链非编码RNA）。

以此为出发点，作者在3对早期阶段的LSCC样品和相应的癌旁组织进行了lncRNA和mRNA的芯片分析（很多国内公司的lncRNA芯片包含mRNA）,一共检测到了30,586 个lncRNAs和 26,109 个mRNA，其中，1407个lncRNA在癌症样品中上调，1261个下调。

第二步（分析）：lncRNA和mRNA共表达分析

得到了lncRNA和mRNA的差异表达之后，lncRNA行使的功能如何研究呢？大多数lncRNA是没有注释的，怎么办，很多研究者在这里就卡住了。

解决方法很简单，lncRNA没有注释，但是mRNA有呀，这里有一个基本假设，和mRNA表达模式类似的lncRNA可能互相调控具有相似的功能。作者对三类lncRNA(芯片结果会给lncRNA分类)和基因都做了共表达分析。

第三步（分析）：lncRNA功能聚类

有了共表达的mRNA之后，就可以对差异表达的lncRNA进行基于此的功能聚类（GO）分析啦，可以得到可能lncRNA参与的通路。

第四步（PCR实验验证）：qPCR验证lncRNA的表达

通过聚类分析得到的一些可能具有功能的lncRNA之后，作者扩大样品使用qPCR验证了他们在LSCC癌和癌旁组织的表达，在选取的26个lncRNA，其中5个有和芯片类似的表达模式。

第五步（分析）：寻找和LSCC早期诊断相关的lncRNA

最后，回到作者问的第一个问题，是否能发现LSCC早期诊断的标志物，作者把上一步验证道德差异表达的5个lncRNA作为一个集合，发现它们的表达变化能很好的区分癌和癌旁组织，提示可以作为诊断的标志物。

总结：

整篇文章仅仅做了qPCR一个实验，剩下的就是芯片和功能临床分析，其中，很多分析芯片公司可以代做，结果发表在了很不错的杂志上。对于医学工作者来说，是性价比很高的发表文章方式。

总结下来，重点就在于疾病类型的选取和临床样品的收集，各位医学工作者，赶快去看看自己手上有什么样的临床样品吧，开启属于你的lncRNA的研究之旅。