 师恩深似海，感谢一路以来各位老师的帮助与指引！ 亲爱的老师，祝您节日快乐?????? 注：1-14，R语言画图；15，图片编辑软件介绍；16-17，Graphpad prism介绍。 柱状图一般用于离散变量绘图。离散变量是指其数值只能用自然数或整数单位计算。在ggplot2中绘制柱状图使用的几何对象是geom_bar()，默认的统计变换是stat_count（对映射到x轴的变量计数），如果我们的数据不需要默认的计数统计变换，且已经做好统计变换，只需要直接绘图，设置参数geom_bar(stat=“identity”) 即可。 02 热图 Heatmap 在样本不同物种丰度分析、或基因的表达模式分析中，我们往往需要对量化的多个物种或者基因表达数据进行可视化处理，这使得我们所关注的物种或者基因在不同处理下一目了然。在日常科研工作中，我们往往习惯于选择热图实现可视化的需求。 散点图，顾名思义就是在二维平面、或三维空间展示变量之间的关系。ggplot2绘制散点图用的几何对象是geom_point()，首先手数据映射变量waiting映射给x轴，变量eruptions映射给y轴，变量group映射给col颜色。 04 箱形图 Boxplot 箱形图是由美国数学家John Tukey在1977年发明的，又称为盒须图、盒式图或箱线图，是一种用作显示一组数据分散情况资料的统计图。因形状如箱子而得名。其绘制须使用常用的统计量，能提供有关数据位置和分散情况的关键信息，尤其在比较不同的母体数据时更可表现其差异。 Venn图是John Venn在1880发表《On the Diagrammatic and Mechanical Representation of Propositions andReasonings》一文中首次使用的。Venn图主要用来表示集合及其相互之间的关系（如下图）。根据是否考虑比例，可将Venn图分为逻辑比例和精确比例两种，一般4个及其以上的样本无法用精确比例表示。 06 饼图 Pie Graph 饼图，苏格兰政治经济学作家WilliamPlayfair在1801年首次使用，普莱菲也被称为「视觉图表之父」，他所制定的直方图、线图、圆饼图，影响后世至巨。在R是绘制饼图有很多种方法，比如基础函数pie()、plotrix包中的pie3D()函数绘制3D饼图、以及ggplot2等都可以实现饼图的绘制。 07 颜色设置 绘图是R语言的特色之一，而颜色是传递信息的重要元素，并且通过色彩、深浅、明暗变化来反映我们这万千世界。R中也有预定义的颜色，共有657种颜色，可以用colors()函数获取。R中还有6种预定义的调色板；另外，也有一些R包，提供了比较好的预定义颜色，比如RColorBrewer包提供了3套很好的配色方案。 08 绘图顺序调整 DataFrame一般译为数据框，由行和列组成，是一个表格或者类似二维数组的结构，它的各行表示一个实例，各列表示一个变量。与Matrix不同的是，每个列可以是不同的数据类型，而Matrix是必须相同的。DataFrame每一列有列名，每一行也可以指定行名。如果不指定行名，那么就是从1开始自增的Sequence来标识每一行。 ggthemr是发布在github上的开源ggplot插件包，可以方便快捷的配置炫酷的主题，改变字体类型、大小，图例、坐标轴、背景等各种元素。而且ggthemr的使用非常方便，不像ggthems里面需要通过themem_***设置，而是做了一个初始化函数ggthemr()，只要选中想要的主题，在绘图之前通过ggthemr(***)函数设定即可，当初始化函数设定主题方案以后，之后的图表完全不必去管设定scale_***()或者theme()，当然也可以通过scale_***()或者theme()按照自己的需要做调整。 ggsignif 是发表在github上的开源包，专门用于在box plot上添加显著性标签。ggsignif主要的一个函数是geom_signif()，他的使用方法和ggplot2中其他的geom_***()一样，作为图层添加到图形中就可以。 有时样本比较多，而我们想在图形中添加标签的时候，容易出现标签遮盖的问题，ggplot2的辅助包ggrepel就是专门处理遮盖问题的。ggrepel是发表在github上的开源包，使用之前是要先安装ggrepel就一个函数geom_text_repel，是对geom_text的封装，geom_text的参数geom_text都可以用（除了vjust，hjust，position，check_overlap） 矩阵数据变量多，信息量大，要想一目了然的可视化，大家的第一反应我相信一定是heatmap，不过今天要给大家分享一个和pheatmap、complexheatmap包不一样的包corrplot，corrplot包专注于相关性矩阵可视化，使用起来更加简单方便。corrplot主要偏向于使用在相关性矩阵分析中，当然不仅限于相关性矩阵，只要数据类型符合要求。 13 图表配色方工具ggsci 绘图的配色永远是一个技术活。配色追求的是协调、美观、赏心悦目，最主要的是要展示出数据的特点，让读者抓住重点。千万不要非主流、五颜六色，凭自己的喜好配色，有时候不但让人感觉不严谨，同时让读者失去了读下去的兴趣。 14 画图字体选择 在R中使用中文，是特别头疼的一件事，不是报错就是乱码。不过现在有了一个showtext包可以帮我们解决这个问题，showtext可以自动加载系统内的字体，也可以调用google字体库中的字体。当然我们也可以自己下载任意的字体，加载使用。 Inkscape是一款专业的矢量图编辑工具，功能就像 CorelDRAW 或 Illustrator，可运行在 Windows、Mac OS X 以及 Linux 平台上，它是简单易用的开源软件。支持多种格式，支持不同系统。 Graphpad prism是一款专业的医学绘图软件，它基于生物统计，曲线拟合和科学绘图于一体，功能非常的强大。超过100个国家的超过10万的科学家在用此软件来统计分析、创建图形，来展示他们的科学数据。相对于其他统计绘图软件（例如R语言），它的绝对优势是可以直接输入原始数据，自动进行基本的生物统计，同时产生高质量的科学图表。 参照上节介绍的软件操作步骤，以2015年发表在新英格兰杂志文献，2016年发表在《C?lon & Rectum》上的两篇文献中的原图为例，具体介绍Graphpad Prism如何画出组合图和生存曲线图。 |
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