根据组织机构在农民专业合作社中所处的地位和作用，农民专业合作社的组织机构可以分为权力机构、执行机构和监督机构三种。权力机构是指农民专业合作社成员大会（成员代表大会），执行机构是指理事长或理事会，监督机构是指执行监事或监事会。
（1）成员大会
合作社的成员大会是合作社的必设机构。成员大会由全体成员组成，是合作社的最高权力机构。成员大会负责选举和罢免理事、监事，以及修改合作社章程、决定合作社的重大经营方针等。
①成员大会的召开。农民专业合作社成员大会是通过召开会议的形式来行使自己权力的。农民专业合作社法第二十四条规定成员大会至少每年应该召开一次。成员大会依其召开时间的不同，分为定期会议和临时会议两种：
定期会议。定期会议何时召开应当按照农民专业合作社章程的规定，如规定一年召开几次会议，具体什么时间召开等。
临时会议。农民专业合作社在生产经营过程中可能出现一些特殊情况，需要由成员大会审议决定某些重大事项时，可以召开临时成员大会。农民专业合作社法第二十四条规定，符合下列三种情形之一的，应当在20日内召开临时成员大会：一是30％以上的成员提议。二是执行监事或者监事会提议。当执行监事或者监事会发现理事长、理事会或其他管理人员不履行职权，或者有违反法律、章程等行为，或者因决策失误，严重影响合作社生产经营等情形，应当履行监督职责，认为需要及时召开成员大会作出相关决定时，应当提议召开临时成员大会。三是章程规定的其他情形。
②成员大会的职权范围。农民专业合作社法第二十二条规定：农民专业合作社成员大会由全体成员组成，是本社的权力机构，行使下列职权：
修改章程。合作社章程的修改，需要由本社成员表决权总数的2／3以上成员通过。如章程对表决权数有较高规定的，从其规定。
选举和罢免理事长、理事、执行监事或者监事会成员。理事会（理事长）、监事会（执行监事）分别是合作社的执行机关和监督机关，其任免权应当由成员大会行使。
决定重大财产处置、对外投资、对外担保和生产经营活动中的其他重大事项。
批准年度业务报告、盈余分配方案、亏损处理方案。年度业务报告是对合作社年度生产经营情况进行的总结，对年度业务报告的审批结果体现了对理事会（理事长）、监事会（执行监事）一年工作的评价。盈余分配和亏损处理方案关系到所有成员获得的收益和承担的责任，成员大会有权对其进行审批。经过审批，成员大会认为方案符合要求的则可予以批准，反之则不予批准。不予批准的，可以责成理事长或者理事会重新拟定有关方案。
对合并、分立、解散、清算做出决议。合作社的合并、分立、解散关系合作社的存续状态，与每个成员的切身利益相关。因此，这些决议至少应当由本社成员表决权总数的2／3以上通过。如章程对表决权数有较高规定的，从其规定。
决定聘用经营管理人员和专业技术人员的数量、资格和任期。合作社是由全体成员共同管理的组织，成员大会有权决定合作社聘用管理人员和技术人员的相关事项。
听取理事长或者理事会关于成员变动情况的报告。成员变动情况关系到合作社的规模、资产和成员获得收益和分担亏损等诸多因素，成员大会有必要及时了解成员增加或者减少的变动情况。
章程规定的其他职权。章程对成员大会的职权还可以结合本社的实际情况作其他规定。
③成员代表大会。当合作社成员人数超过一定的数量，不易召集成员大会时，通常根据地域便利，分组举行会议，并依各组成员人数推选代表，出席成员代表大会。农民专业合作社法第二十五条规定“农民专业合作社成员超过一百五十人的，可以按照章程规定设立成员代表大会”。成员代表的选任应当由合作社章程予以明确规定，主要包括以下几条：第一，明确成员代表人数、任期及选举方法；第二，成员代表应当具备成员资格，非成员不能当选代表；第三，分组举行成员大会分会，并依各组成员人数，推选代表；第四，成员代表的产生应当顾及成员的地区、业务种类；第五，选举成员代表时，实行一人一票制。成员代表大会设置的主要目的是便于召集，提高会议效率，是成员大会的一种变通方式，但是绝不能替代成员大会，根据农民专业合作社法规定“成员代表大会按照章程规定可以行使成员大会的部分或者全部职权”。
（2）理事会
合作社管理机制的核心是实行民主管理，理事会作为合作社的日常运行管理机构承担着重要作用。合作社理事会由章程载明的确定数量的理事组成，是合作社的业务执行机构，同时也是合作社的常设机构之一。对于合作社是否一定要设立理事会，农民专业合作社法并未作强制性规定，一般由合作社章程规定。如果合作社规模较小，成员人数很少，没有必要设立理事会的，由全体成员共同选举出一名理事长来负责合作社的经营管理工作。
①理事会（理事长）的产生。理事会（理事长）是成员（代表）大会的执行机构，由成员（代表）大会从本社成员中选举产生，依照农民专业合作社法和本社章程的规定，行使职权，对成员（代表）大会负责。召开成员大会，出席人数应当达到成员总数2／3以上，成员大会选举理事长、理事会成员应当由本社成员表决权总数过半数通过，如果章程对表决权数有较高规定的，从其规定。理事长、理事的资格条件等，由合作社章程规定。但是，合作社的理事长、理事不得兼任业务性质相同的其他合作社的理事长、理事、监事。另外，农民专业合作社法明确规定，不管合作社的规模大小、成员多少，也不管合作社有无理事会，都要设理事长，理事长为本社的法定代表人。
②理事会（理事长）的职权范围。合作社理事会行使的职权通常有：组织召开成员大会并报告工作，执行成员大会决议；制订本社发展规划、年度业务经营计划、内部管理规章制度等，提交成员大会审议；制订年度财务预决算、盈余分配和亏损弥补等方案，提交成员大会审议；组织开展成员培训和各种协作活动；管理本社的资产和财务，保障本社的财产安全；接受、答复、处理执行监事或者监事会提出的有关质询和建议；决定成员入社、退社、继承、除名、奖励、处分等事项；决定聘任或者解聘本社经理、财务会计人员和其他专业技术人员；履行成员大会授予的其他职权。
合作社的具体生产经营活动由理事会聘请的经理或理事会负责。合作社可以聘任经理，也可以不聘任经理；经理可以由本社成员担任，也可以从本社成员外聘请。是否需要聘任经理，由合作社根据自身的经营规模和具体情况而定。农民专业合作社法第二十八条规定，农民专业合作社的理事长或者理事会可以按照成员大会的决定聘任经理。经理应当按照章程规定和理事长或者理事会授权，负责农民专业合作社的具体生产经营活动。因此，经理是合作社的雇员，在理事会（理事长）的领导下工作，对理事会（理事长）负责。经理由理事会（理事长）决定聘任，也由其决定解聘。农民专业合作社的理事长或者理事可以兼任经理。理事长或者理事兼任经理的，也应当按照章程规定和理事长或者理事会授权履行经理的职责，负责合作社的具体生产经营活动。如果合作社不聘请经理，则由理事长或者理事会直接管理合作社的具体生产经营活动。
③理事长、理事利用职务便利损害合作社利益处理办法。农民专业合作社法第二十九条规定，农民专业合作社的理事长、理事和管理人员不得有下列损害合作社利益的行为：
侵占、挪用或者私分本社资产。理事长、理事和管理人员利用自己分管、负责或者办理某项业务的权力或职权所形成的便利条件，将合作社资产侵占、挪作他用或者私分，必然会造成合作社资产的流失或者影响合作社正常的经营活动。
违反章程规定或者未经成员大会同意，将本社资金借贷给他人或者以本社资产为他人提供担保。这种个人行为往往给合作社的生产经营带来风险。法律禁止此种行为是对理事长、理事和管理人员的强制性约束。
接受他人与本社交易的佣金归为已有。理事长、理事和管理人员代表合作社出售农产品或购买生产资料等，是履行应尽的职责，因此接受他人支付的折扣、中介费用等佣金应当归合作社所有。
从事损害本社经济利益的其他活动。合作社的理事长、理事和管理人员享有法律和合作社章程授予的参与管理合作社事务的职权，同时也对合作社负有忠实义务，在执行合作社的职务时，应当依照法律和合作社的章程行使职权，履行义务，维护合作社的利益。农民专业合作社法规定，理事长、理事和管理人员违反上述四项禁止性规定所得的收入，应当归本社所有；给本社造成损失的，应当承担赔偿责任；情节严重，构成犯罪的，还应当依法追究刑事责任。
（3）监事会
①监事会（执行监事）的产生。监事会（执行监事）是合作社的监督机关，对合作社的业务执行情况和财务进行监督。监事会是指由多人组成的团体担任的监督机关，执行监事是指仅由一人组成的监督机关。依照农民专业合作社法第二十六条的规定，合作社可以设执行监事或者监事会。可见，监事会（执行监事）不是合作社的必设机构。当农民专业合作社成员人数较多时，可以专门设立监事会。由于监事会开展工作主要通过召开会议的方式来进行，故监事会会议表决实行“一人一票”制。因此，监事会由3人以上的单数组成，设主席一人，监事若干名，通过成员（代表）大会从本组织中选举产生。从我国各地的实践来看，大多数合作社监事会的主席、副主席除由本组织选举产生外，许多合作社还聘请相关领域的专家、学者担任，也有聘请当地的政府官员、村委会领导担任的。如果不专门设立监事会的合作社，则可由成员（代表）大会在本组织成员中选举产生执行监事1人，兼职监事若干名。
监事会（执行监事）是由成员（代表）大会从本社成员中选举产生，依照农民专业合作社法和本社章程的规定，行使职权，对成员（代表）大会负责。成员（代表）大会选举监事会（执行监事）成员应当由本社成员表决权总数过半数通过，如果章程对表决权数有较高规定的，从其规定。监事会（执行监事）成员的资格条件等，由合作社章程规定。为保证监察职能的发挥，理事不得为监事，曾任理事之成员，于其理事责任解除前不得当选为监事。
②监事会（执行监事）的职权范围。监事会（执行监事）对成员（代表）大会负责，其具体的职权和工作规则由合作社的章程具体规定。监事会（执行监事）通常具有下列职权：
监督检查成员（代表）大会的执行情况；监督检查本组织开展业务经营活动的实绩；监督检查维护本组织成员合法权益的情况；监督检查本组织积累资产保值增值的情况；监督检查成员（代表）大会的决定聘任经营管理人员；听取经营管理人员的工作汇报；行使章程规定的其他职权。
农民专业合作社章程要具体明确监事会（执行监事）的工作规则，其主要内容包括：
监事会（执行监事）的全体会议应当定期召开，由主席或执行监事召集和主持；在本组织成员（代表）大会闭会期间，监事会主席或执行监事有权列席理事会的全体会议；由监事会主席或执行监事向成员（代表）大会报告本会的工作；监事会成员平等地享有一票表决权，并且要遵守执行工作规则，注重加强沟通，切实相互配合，共同努力完成各项任务；必须将所议事项做出的决定记录在会议记录上，并交由出席的监事会各位成员签名。
