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你是否被Cytoscape主页上的这张网络图惊艳过？ 你是否被这种粗糙的作图技术刺瞎过？ 同样用的是Cytoscape，为何画风完全不同？是因为下载的Cycoscape是假的么？肯定不是。。。那是因为？ 因为没有看过本宫写的帖子！ 既然封面上的这张图这么养眼，今天就实操演示一下它的画法，希望大家能够学会这套“眼保健操”！ 封面这张图是一张蛋白质互作网络图，所以本宫找了一组基因去STRING上分析了一下，然后导出了互作关系的txt文件（上传到网盘中了，链接见文章底部）。 导入txt文件，把孤立节点Edit>>Cut掉 调整一下整体网络风格（选了一种最接近于目标网络图的风格，在此基础上进行微调） 这里顺便介绍一下，Border选项可以在节点边缘添加边框效果 接下来我们调整一下布局样式（选择这个样式是因为边缘的节点样式比较接近于封面图片），中间的节点比较密集，我们稍微拖一下，让它们分散点 封面图片的节点大小是根据节点的Degree来调整的，所以我们先用Centiscape这个插件算出节点的Degree 然后根据节点的Dgree调整节点大小 渐变选项（Continuous Mapping）大致调成10-50
下面开始调整Edge，先把Edge变成曲线，这里用默认选项即可
接下来调整Edge的样式，先调颜色（调了半天，选了这么个颜色~~只能说差不多吧）
后来用PS的拾色器取了看了一下参数
然后调整透明度，根据String数据库分析的combine_score渐变，参数见下图
再调整一下Edge的粗细，还是根据combine_score渐变
最后对图片进行微调，包括节点位置拖动以及曲线调整（选中Edge调整曲线节点，这个节点的数量可以在Bundle edge中的Number of handles中设置）
导出图片（先导出PDF格式之后再处理，保证图片质量）的时候，让工作区域能够显示整个网络
效果图
结语：gene list不同导致网络图还是有一些区别的，另外那张封面图中一些单向一对多的基因关系是很少见的，所以本文这张图中少有那种一束然后发散出去的feeling。方法已经教给大家了，要做成SCI论文中的插图可以通过修改背景，线条颜色等实现（毕竟SCI论文中不能用黑底！），这里不再赘述。 |
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