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在动植物转录组研究当中，非编码RNA例如lncRNA、miRNA已被大量报道及研究，虽然原核非编码RNA偶有被发现，但随着原核转录测序技术的发展，细菌转录组中的sRNA才逐渐被认识并慢慢成为原核转录组的研究热点。 什么是细菌sRNA？ 细菌sRNA一般来源于基因间区，部分通过mRNA的3’UTR剪切形成。它们长度一般为50-500bp，但实际上很多物种的sRNA长度在100-300bp左右。一个正常细菌细胞含有大约100-200个sRNA，每个sRNA同时又具有多个靶基因，因此sRNA与mRNA在细胞内部形成一个复杂的调控网络。 细菌sRNA本身没有功能，大部分都通过碱基配对的方式与靶基因结合，起到一定调控作用。与miRNA不同，sRNA具有多种调控功能，包括调节转录本稳定性、激活/抑制蛋白表达等。现阶段已有多个研究表明，细菌sRNA能够调控多种毒力因子，参与细胞的抗逆反应、碳以及氨基酸代谢等。 sRNA的调控作用 如何检测sRNA？ 细菌sRNA与真核生物的miRNA等小RNA很类似，但由于miRNA长度一般为20多bp，SE50的测序策略已经满足研究需求。而前面已经提到过，细菌sRNA长度一般为50-500bp，在建库和测序策略的选择上更为自由，哪怕一般的原核350bp左右的建库方式都可以检测到不少sRNA。 不过一般经验而言，细菌sRNA的长度峰值在150-300bp左右，因此从性价比考虑，我们完全可以建立一个200bp的链特异性原核转录组文库，采用PE100等策略，满足大部分sRNA的检测需求的同时，也可以开展原核mRNA研究。 sRNA靶基因预测 要了解sRNA的作用，对其靶基因进行预测是必不可少的一个环节。sRNA虽然能够通过碱基匹配方式与靶基因结合，但实际上很多sRNA由于长度的限制，只有部分与靶基因相结合，再加上匹配方式很多是不完全匹配，因此会造成sRNA的靶基因预测存在很大假阳性。实际上，sRNA最常见是结合在mRNA的5UTR区域，因此利用CopraRNA、IntaRNA、TargetRNA和RNApredator等软件，在转录本的-200到+100区域进行预测，一般能收到不错的效果。 怎么分析？ |
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