专题 | 跟猴哥一起学高级Meta—SNP系列（五）

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理论讲解

SNP meta 是不想做实验想发SCI最短平快的绝技，之前几讲，我们已经将步骤和思路介绍，接下来就是进一步的完善。当我们提取完snp的原始文献的数据后，我们最好对对照组进行哈代温伯格定律（Hardy Weinberg Equilibrium，HWE）检验，以减少病例-对照研究中出现的抽样偏倚（这是由病例-对照研究的设计特点决定的）。

表1  模拟数据如下

HWE检验可在Excel表格设置上表的函数进行检验。

或者

也可在Stata中进行检验，所用的是Stata独有的search功能。

使用Stata计算时，在命令窗口输入“search Hardy Weinberg equilibrium”，就会在结果窗口显示很多相关的资料，并附带有检验HWE的安装包，选择其中一个点击安装即可。

或者在stata中输入

*安装hwe软件包
ssc install genhwcci
*输入对照组 cc  ct tt 数据
*HWE检验
genhwcci  33  118  67, label(cc ct tt)

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统计学原理

意义：群体遗传学基本定律，如果符合H-W定律，表示样本具有代表性，支持分析结论。

内容：如果没有选择、突变和迁移等外在压力，人群随机婚配，基因型分布经几代传递后能够达到平衡。

检验方法：常用拟合优度卡方检验chi ^2= sum ((obs -exp)^2) / exp)，自由度为df=m(m-1)/2， m为等位基因数。

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实战分析

1.数据如下

2.哈温平衡算法stata中输入,复制红色部分
ssc install genhwcci
help genhwcci
genhwcci 41 47 21 37 58 18   /*先病例组，后对照组*/

根据p值<0.05与否，整理为如下表格，p<0.05， hwe为0 no—不符合哈温平衡。

作者简介：猴哥，讲师，副主任医师，武汉大学肿瘤学博士，专注于胃肠道分子生物学机制，系统评价/Meta分析，数据挖据，临床统计研究， Freescience联盟（微信ID:freescienceunion）联合创始人之一。