生信人需知的100个数据库|NAR

以下是最新发表的50多个数据库的链接地址及功能描述。

Database name	Brief descriptiona	URL
3DSNP	Human noncoding SNPs: interactions with genes and other SNPs	http://biotech./3dsnp/
AAgAtlas	Human AutoAntigen database	http://aagatlas.
ADPriboDB	ADP-ribosylated proteins and sites	http://adpribodb./
antiSMASH	antibiotics and Secondary Metabolite Analysis SHell	http://antismash-db.
AraPheno	Phenotypic data for Arabidopsis thaliana	https://arapheno.
ccNET	Co-expression networks for diploid and polyploid Gossypium	http://structuralbiology.cau.edu.cn/gossypium/
CeNDR	C. elegans Natural Diversity Resource	http://www.
CGDB	Circadian Gene database	http://cgdb./
CistromeDB	ChIP-Seq and DNase-Seq data in human and mouse	http:///db
Coexpedia	Gene co-expression data mapped to medical subject headings (MeSH).	http://www.
dbSAP	Single Amino acid Polymorphisms: SNP-derived variation in human proteins	http://www./dbSAP
denovo-db	Human de novo gene variants detected by parent-child sequencing	http://denovo-db.gs.
DrugCentral	Active ingredients of approved pharmaceutical products, indications and mode of action	http://
EURISCO	European catalogue for plant genetic resources	http://eurisco./
ExAC browser	Exome Aggregation Consortium sequence data	http://exac.
Exposome-Explorer	Biomarkers of exposure to disease risk factors	http://exposome-explorer.
FAIRDOMHub	Findable, Accessible, Interoperable and Reusable Data, Operating procedures and Models	https:///
FuzDB	Database of fuzzy protein complexes	http://
GenomeCRISPR	High-throughput screening using the CRISPR/Cas-9 system	http://
GTRD	Gene Transcription Regulation Database	http://gtrd.
HieranoiDB	Ortholog groups and trees inferred by Hieranoid2 software	http://hieranoidb.sbc./
IGSR	International Genome Sample Resource	http://www./data-portal
IMG/VR	DOE Joint Genome Institute Viral Resource	https://img.jgi./vr/
JET2 Viewer	viewer/ Joint Evolutionary Trees: protein-protein interaction patches in known structures	http://www.lcqb./jet2
jPOSTrepo	Japanese ProteOme STandard repository	https://repository./
KERIS	Kaleidoscope of gEne Responses to Inflammation among Species	http:///KERIS
LinkProt	Topologically complex protein structures	http://linkprot.cent./
LNCediting	RNA editing sites in lncRNAs from human, monkey, mouse and fly	http://bioinfo.life./LNCediting/
MEGaRes	Mechanisms of antimicrobial resistance	https://meg./MEGaRes/
Membranome	A database of single-pass membrane proteins	http:///
MethSMRT	DNA methylation data from Single Molecule, Real-Time sequencing	http://sysbio./methsmrt
mirDNMR	Background de novo mutation rates in human genes	https://www./mirdnmr/
Monarch Initiative	Human disease-related genotypes and phenotypes in model organisms	http://
MRPrimerV	PCR primer pairs for detecting RNA virus-mediated infectious diseases	http://infolab./MRPrimerV
mutLBSgeneDB	Mutations in Ligand Binding Sites gene DataBase	http://www./mutLBSgeneDB/
NSDNA	Nervous System Disease NcRNA Atlas	http://www./nsdna/
Ontobee	Ontology database server of OBO Foundry	http://www./
Open Targets	Target validation platform: links between potential drug targets and diseases	https://
pathDIP	Pathway data integration and analysis portal	http://ophid./pathDIP
PathoYeastract	Transcription regulation in pathogenic yeasts	http:///index.php
PceRBase	Plant competing endogenous RNAs	http://bis./pcernadb/index.jsp
Pharos	Data on unstudied and understudied drug targets	https://pharos./idg/index
PLaMoM	Plant Mobile Macromolecules: Extracellular siRNAs, microRNAs,  mRNAs and proteins in plants	http://www./plamom/
Plant Reactome	Plant metabolic, regulatory and signaling pathways	http://plantreactome./
PMDBase	Plant microsatellites and marker development	http://www./PMDBase
POSTAR	Post-transcriptional regulation by RNA-binding proteins	http://POSTAR.
proGenomes	Consistently annotated bacterial and archaeal genomes	http://van./progene/
Proteome-pI	Pre-computed isoelectric points for >5000 proteomes	http:///
REDIportal	A-to-I RNA editing events in human	http://srv00.recas.ba./atlas/
RNALocate	RNA localization in the cell	http://www./rnalocate/
SNP2TFBS	Regulatory SNPs affecting predicted transcription factor binding sites	http://ccg./snp2tfbs/:
SoyNet	Co-functional networks for soy bean Glycine max	http://www./soynet/
TFBSbank	Transcription Factor Binding Site profiles deduced from ChIP-seq or ChIP-chip data	http:///
TSTMP	Target Selection database for human TransMembrane Proteins	http://tstmp.enzim.ttk.
Uniclust	Clustered protein sequences and multiple sequence alignments	http://uniclust./
WERAM	Writers, Erasers and Readers of histone Acetylation and Methylation	http://weram./

注：可能有些网站失效

下面是回顾汇总12年来全社会广泛使用的具有权威性，全面性和便利性的数据库。小编觉得数据库不仅可以提高个人知名度和权威性，还可以推动加速科研产出造福人类。

Database name	Current URL	Brief description
Annual updates
DDBJ	http://www.ddbj.	All known nucleotide and protein sequences
ENA	http://www./ena	All known nucleotide and protein sequences
GenBank	https://www.ncbi.nlm./genbank/	All known nucleotide and protein sequences
Ensembl	http://www./	Annotated information on eukaryotic genomes
Mouse Genome Database	http://www.informatics.	Mouse genome database
UCSC Genome Browser	http://genome./	A universal genome viewing and analysis platform
UniProt	http://www.	A universal database of protein sequences (includes Swiss-Prot and TrEMBL)
Regular updates
ArrayExpress	http://www./arrayexpress	Array-based gene expression data
BioCycd	http:///	Pathway information for sequenced
BioGRID	http://www.	Genetic and physical interactions in yeast, worm and fly
BRENDA	http://www.	Enzyme names and biochemical properties
CGD	http://www./	Candida Genome Database
CanSAR	http://cansar.	Cancer research and drug discovery resource
CATH	http://www.	Protein domain structure database
CAZy	http://www.	Carbohydrate-Active enZymes database
CDD	http://www.ncbi.nlm./cdd	Conserved Domain Database
ChEBI	http://www./chebi	Chemical Entities of Biological Interest
ChEMBL	https://www./chembldb	Interaction of drugs and compounds with their targets
ChimerDB	http://ercsb./fusiongene	Chromosome translocations and gene fusions
COG	http://www.ncbi.nlm./COG	Clusters of Orthologous Groups of proteins
Comparative Toxicogenomics Database	http://	A knowledgebase for curated chemical-gene-disease networks
COSMIC	http://cancer.	Catalogue of Somatic Mutations in Cancer
CyanoBase	http://genome./cyanobase	Cyanobacterial genomes
dbPTM	http://dbPTM.mbc./	Post-translational modification of proteins
DBTSS	http://dbtss./	Database of transcriptional start sites
DEG	http://www.	Database of essential genes
DictyBase	http://	Model organism database for Dictyostelium discoideum
DrugBank	http://www./	Drug and drug target database
EcoCyc	http:///	E. coli K12 genes, metabolic pathways, transporters, and gene regulation
eggNOG	http://eggnog./	Evolutionary genealogy of genes:Non-supervised Orthologous Groups
ELM	http://elm./	Eukaryotic Linear Motif: functional sites in eukaryotic proteins
EMAGE	http://www./emage/	e-Mouse Atlas of Gene Expression
ENCODE project at UCSC	http://genome./ENCODE	Encyclopedia of DNA Elements,functional elements in human genome
EPD	http://epd.	Eukaryotic Promoter Database
EuPathD	http:///	Unified genome databases on eukaryotic pathogens (includes PlasmoDB, ToxoDB, ApiDB,TrichDB, TriTrypDB, GiardiaDB,etc.)
Expression Atlas	http://www./gxa/	Dene expression patterns deduced from microarray and RNA-seq data
FANTOM	http://fantom.gsc./	Functional annotation of mouse full-length cDNA clones
FINDBase	http://www.	Frequencies of INherited Disorders
FlyBase	http:///	Drosophila sequences and genomic information
FlyRNAi	http:///	Genome-wide RNAi analysis in Drosophila
Gene3D	http://gene3d.biochem.	Structural domain assignments for protein sequences
Genenames	http://www./	The HGNC human gene nomenclature database
GenomeRNAi	http://www.	RNA interference data for human and Drosophila
GEO	http://www.ncbi.nlm./geo/	NCBI’s Gene Expression Omnibus
GO	http://www.	Gene Ontology Database
GOA	http://www./GOA	Gene Ontology annotations for proteins in UniProt
GOLD	https://gold.jgi./	Genomes online database: completed and ongoing genome projects
GPCRdb	http:///	Data and tools for studying G protein-coupled receptors
Gramene	http://www.	Comparative genomics of crops and model plant species
GXD	http://www.informatics./expression.shtml	Mouse Gene Expression Database
HAMAP	http://hamap./	High-quality Automated and Manual Annotation of Proteins
HMDB	http://www.	Human Metabolome Database
IEDB	http://www./	Immune Epitope Database
IMG/M	http://img.jgi./m	JGI’s Integrated Microbial Genomics and Metagenomics
IMGT	http://www.	International ImMunoGeneTics database.
InParanoid	http://InParanoid.sbc.	Orthologous relationships between eukaryotic proteomes
IntAct	http://www./intact/	Protein–Protein INTerACTion data
InterPro	http://www./interpro	Integrated resource of protein families, domains and functional sites
IPD	http://www./ipd	Immuno Polymorphism database (includes IMGT/HLA)
JASPAR	http://jaspar./	PSSMs for transcription factor DNA-binding sites
KEGG	http://www.genome./kegg	Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes: genes, proteins, pathways
MEROPS	http://merops./	Database of proteases (peptidases)
MetaCyc	http:///	Metabolic pathways and enzymes in various organisms
miRBase	http://www./	MicroRNA sequences, names and predicted targets in animals
miRGator	http://mirgator.kobic.	MicroRNA expression profiles and mRNA targets
miRGen	http://www./mirgen	MicroRNA promoters and transcription start sites
miRTarBase	http://miRTarBase.mbc./	Experimentally validated microRNA–target interactions
MMDB	http://www.ncbi.nlm./Structure	Molecular Modeling Database of protein structures
MODOMICS	http:///modomics/	RNA modification pathways
Mouse Tumor Biology Database	http://tumor.informatics./mtbwi/	Mouse as a model system of human cancers
neXtProt	https://www./	A database of human proteins
NONCODE	http:///	A database of noncoding RNAs
OMIM	http://www.	Online Mendelian inheritance in man: A catalog of human genetic and genomic disorders
OrthoDB	http://www.	An hierarchical catalog of orthologous proteins
PANTHER	http://www.	Protein sequence evolution mapped to functions and pathways
PATRIC	http://www.	PathoSystems Resource Integration Center
PDB	http:///pdb	Protein DataBank: All biological macromolecular structures
PDBe	http://www./pdbe/	Protein Databank in Europe
PDBsum	http://www./pdbsum	Summaries and analyses of PDB structures
Pfam	http://pfam.	Protein families: Multiple sequence alignments and profile hidden Markov models of protein domains
PHI-base	http://www4.rothamsted./phibase/	Genes affecting fungal pathogen–host interactions
PIR	http://pir./	Protein Information Resource, part of UniProt
PRIDE	http://www./pride/	Proteomics peptide identification database
PRINTS	http://www.bioinf./dbbrowser/PRINTS	Protein fingerprints, conserved motifs used to characterise a protein family
Prosite	http://www./prosite	Biologically-significant protein patterns and profiles
PubChem	http://pubchem.ncbi.nlm./	Structures and biological activities of small organic molecules
RGD	http://rgd./	Rat Genome Database
RDP	http://rdp.cme.	Ribosomal Database Project:Bacterial and archaeal 16S rRNA and fungal 28S rRNA sequences
Reactome	http://www.	A database of metabolic and signaling pathways
REBASE	http://rebase./rebase/	Restriction enzyme database
RefSeq	https://www.ncbi.nlm./refseq/	NCBI Reference Sequence Database
Rfam	http://rfam.	RNA families with multiple sequence alignments
SCOP	http://scop.mrc-lmb./	Structural Classification Of Proteins
SGD	http://www.	Saccharomyces Genome Database
SILVA	http://www./	Aligned small- and large subunit rRNA sequences
SIMAP	http://mips./simap/	Similarity Matrix of Proteins
SMART	http://smart.	Simple Modular Architecture Research Tool: signalling,extracellular and chromatin-associated protein domains
STITCH	http:///	Search Tool for Interactions of Chemicals
STRING	http://string./	Predicted functional associations between proteins
SUPERFAMILY	http://	Genome-wide identification of protein domains of known structure
SWISS-MODEL	http://swissmodel./	3D models for proteins of unknown structure
TAIR	http://www./	The Arabidopsis information resource
TarBase	http:///tarbase	Database of experimentally supported microRNA targets
TCDB	http://www./	Transporter protein classification database
UCSC Cancer Genomics Browser	https://genome-cancer./	Visualization of cancer genomic datasets
VectorBase	https://www./	Invertebrate vectors of human pathogens
WormBase	http://www.	Community portal on all aspects of C. elegans biology
XenBase	http://www.	Xenopus frog database
YEASTRACT	http://www.	Transcriptional regulation in Saccharomyces cerevisiae
ZFIN	http:///	Zebrafish information network

参考文献

1.Galperin M Y, Fernándezsuárez X M, Rigden D J. The 24th annual Nucleic Acids Research database issue: a look back and upcoming changes[J]. Nucleic Acids Research, 2017, 45(Database issue):D1-D11.