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PacBio SMRT单分子实时测序技术近年来屡登CNS等顶级期刊，基因组学领域研究人员皆被其长读长优势所吸引，而屡传能与之“抗衡”的新型纳米孔测序法Oxford Nanopore却迟迟到最近才正式露面。去年底，Oxford Nanopore公司凭借其独特的便携式测序技术，获融资1.26亿美元，其目前已经有包括MinlON便携式DNA测序仪、PromethION高通量测序仪以及VolTRAX自动样品/文库准备系统等多种产品。其中MinlON是目前世界上唯一上市的便携式测序仪。然而，遗憾的是，至今，Oxford Nanopore测序数据从未在中国露过面。 武汉未来组（NextOmics）作为国内三代测序技术应用的开拓者，自2011年起一直致力于将领先的技术提供给关注前沿科学的合作伙伴，是中国首家PacBio测序服务供应商，是亚太区首批PacBio Sequel测序中心，凭借5年多的技术积累，成为世界领先的三代测序中心。 今天，未来组公司发布了国内首个Oxford Nanopore (ONT) 数据，为大家引荐突破测序界“摩尔定律”的Oxford Nanopore测序技术。 Oxford Nanopore自诞生以后，因优点众多，而备受关注，未来组已于数月前引入该平台，且看最近新鲜出炉的测序数据测评吧，且看且收藏哦~ 【未来组采用人血源DNA，构建＞10kb文库，于Nanopore MinION测1个flowcell，对下机reads进行质控统计，并与参考序列进行比对。】 单个flowcell产出约2.5G，与文献中使用Nanopore MinION测序组装人类参考基因组时的平均产出相当：~2.3Gb[1]（39个flowcell共产出91.2Gb），并且其中高质量reads比例＞80%。 随后评估reads读长分布，平均读长~13.5kb，long reads最长达137kb，高于文献中的测序数据[1]（Mean read length ~8.6kb）。 将reads与参考基因组GRCh37比对，评估测序数据的准确度，mapping率高，符合预期。
记得今年早期，向稳（基云惠康创始人）在一篇微信文章中就提出，中国哪家测序公司会首先推出Oxford Nanopore的测序服务？我们今天算是给出了一个正式的答复。 三代测序是武汉未来组从2012年开始，就确定的差异化发展的战略。在2013年3月11日，正式推出三代测序（PacBio平台）服务以后，武汉未来组就一直不遗余力的推动三代测序在各个领域的应用，从一开始是在线粒体、叶绿体、细菌的基因组组装、表观修饰分析，逐步过渡动植物基因组的组装、人类基因组的组装、全长转录组等领域，武汉未来组一直走在了探索的前沿。今天，我们推出三代测序的又一个新平台，Oxford Nanopore，这对于我们来说，是一个新的里程碑。坦率的说，是否中国首家推出Oxford Nanopore测序服务，对于武汉未来组来讲，已经没有实质性的意义，但是，对于一个追求技术极限的团队来说，不走在技术的最前沿，就是一种耻辱，是我们不能接受的。 今天，我们公开的数据结果，仍然是很初步的数据，Oxford Nanopore平台仍然是一个早期应用的平台，还有很多不完美的地方。但是，我们相信，这条道路通向的，一定是一个崭新的世界！ Hello，未来！ Hello，Next-generation Omics ! —— Wonder 2017年9月15日凌晨 简评于武汉光谷 参考文献 [1] MJain, S Koren, J Quick, et al. Nanopore sequencing and assembly of a human genome with ultra-long reads. bioRxiv.2017 |
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