这篇文章来自于四军大西的消化内科专家樊代明院士,樊教授实验室也是非编码RNA方向的大牛。 miRNA和耐药 咱们进入正题,这篇文章讲的是lncRNA产生miR-100和miR-125b,然后miRNA cluster介导了Wnt信号通路促进了癌细胞对Cetuximab的耐药机制。 在这里面还有一个亮点就是“miRNA cluster”(microRNA研究的几种新模式……) 下游的miRNA→Wnt→耐药,还好说,看看作者如何发现lncRNA产生miRNA的。
1. Cetuximab耐药 西妥昔单抗,是IgG1单克隆抗体药,分子靶点为表皮生长因子受体(EGFR),通过结合EGFR,抑制癌细胞的增殖、血管生成、细胞运动、细胞的入侵及转移等。 2. 全转录本RNA-seq寻找耐药相关基因 既然是研究耐药相关的转录本,准备好耐药结肠癌细胞株+对照组,RNA-seq筛查到141个转录本上调,220个转录本下调,其中7个miRNA上调,24个miRNA下调。 3. LncRNAMIR100HG作为miRNA cluster的前体 有趣的是,lncRNA MIR100HG以及miR-125b以及miR-100是转录本中上调高的。结果一看序列,发现MIR100HG里面含有这俩miRNA的序列! 4. miR-125b、miR-100介导耐药 文章接下来就是围绕了miR-125b和miR-100的体外、体外功能实验了。作者分别过表达、敲减miRNAs,发现只有当miR-125b/miR-100组合时,能最大化介导癌细胞耐药的能力。 5. miRNA cluster→DKK1、3→Wnt通路 重新来看RNA-seq数据,miRNA的靶标肯定是下调的基因,DKK1和DKK3被下调了30多倍,它们是Wnt/β-catenin的抑制剂,其被激活后介导了耐药的机制。 microRNA cluster是指基因组位置上比较靠近(比如1Kb)的一些microRNA。最常见的就是mir-17-92簇: 关于microRNA cluster,我们可以通过mirbase进行查询(mirbase:http://www./) 国自然项目中还未发现lncRNA作为前体产生miRNA的项目,但在pubmed中发现这种机制的文章都是10+分的文章,想发大文章的童鞋可以考虑考虑这个方向。
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