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陕西师范大学中国西部边疆研究院自成立之初便是按照教育部人文社科重点研究基地的模式和要求管理和运行的，经过10年的发展已形成了完整的研究机构和体系，以及特色鲜明、优势明显的研究方向。目前研究院下设5个研究所、4个田野工作站以及办公室、资料信息中心、民族学田野实验室等常设机构；另设学术委员会，为研究院最高学术评价与决策机构。 研究所是研究院的核心机构，目前设置的5个研究所分别为西部边疆发展战略研究所、西部边疆民族历史与文化研究所、西部边疆国际环境与地缘政治研究所（中亚研究所）、西部边疆宗教文化研究所和西部民族经济与社会发展研究所。 田野工作站是研究院的派出机构，由我校与西部边疆地区相关单位合作组建，目前已经设置的4个工作站分别是：新疆和田工作站、伊犁工作站、喀什工作站和西藏拉萨工作站。
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