再教你一个装逼神器——蛋白质三维结构查看软件pymol

蛋白质的三维结构决定了蛋白质的功能，施一公老师在15年发表的几篇重量级的文章都是关于蛋白质三维结构解析的。我们今天不介绍如何通过实验得到蛋白质三维结构，今天我们介绍如何查看已有的蛋白质三维结构。

 

1 我们首先下载蛋白质三维结构查看软件pyMol（http://www./tools/software/），下载后直接安装，注意路径名不能有中文。

2 接下来我们去哪里找三维结构呢？可以上ncbi的数据库structrue，我们搜索p53，打开如下页面：http://www.ncbi.nlm./Structure/mmdb/mmdbsrv.cgi?uid=103701

格式选择PDB格式，然后点击View structure，保存在本地硬盘上，注意保存路径也不要有中文。

3 我们打开刚才安装好的pymol，界面如下：

主要分为两个部分，上面的是命令行区域，下面黑色的是显示区域。

4 我们通过“File->open”打开刚才下载的PDB文件：

5 上面的图一点都不好看。我们在命令行里面输入“show cartoon”，意思是显示动画，就是我们经常看到的三维结构了：

6 上面的图像看上去太杂了，我们简化处理，我们把线条隐藏，输入命令“hide lines”

7 输入不同的命令行会有不同的显示方式。（每次输入命令行之前最好输入”hide all” 清除先前的效果）。

Show spheres

show mesh

show surface

8 我们可以标记我们自己感兴趣的氨基酸，比如我们想标记里面所有的亮氨酸为红色

Color red,resn leu

9 当然我们还可以用来做动画：

依次输入命令：

mset 1 x30

util.mrock(1,30,60,1,1)

set ray_trace_frames=1

set cache_frames=1

mplay

mpng mov

10 上面都是截图，效果不是太好，我们想得到一张清晰的图片，可以使用命令：

ray

png E://abc.png

上面就是将当前视图渲染到 E盘的abc.png中