高难度的GEO数据差异分析

拿一套GEO数据集用DECenter来花式做差异详解

之前很多人使用DECenter出现各种奇奇怪怪的错误，然后程序猿一直希望将学习成本降到最低，经过多次努力，已更新到了第四版本

GAP地址V4：http://gap./tool/10/

百度云下载地址：

64bit：链接：http://pan.baidu.com/s/1mi3OiwS 密码：ppra

32bit：链接：http://pan.baidu.com/s/1pL0unIr 密码：ayfd

这次就用V4来做一下一套GEO芯片数据的差异分析

这套芯片数据为：GSE15781，这套芯片是直肠癌的数据，样本总共有42个，做差异分析之前我们都应该先看懂咱们自己的数据，如下图，从图中可以看出这套数据使用的平台是GPL2986,42个样本，分别有四类

1、肿瘤样本

2、正常样本

3、经过放疗的正常样本

4、经过放疗的癌症样本

进一步的我们下下载这套GEO的数据集使用GEO芯片转换器进行数据提取，不会的回头看如何提取GEO的数据

最终我们会得到两个表：

现在我们需要修改一下SampleInfo.xls文件以便对这些样本进行更好的分组比较，打开这个表格（Excel 会提示如：https://www./question/386），看到如下图的文件表格（注意你的数据中每个后面带了分号，我这里把分号替换掉了）

现在我们需要分组，假设我们设想的比较方式是这样的：

1、癌症样本与正常样本比较

2、放疗样本与非放疗样本比较

3、癌症放疗样本与非癌症放疗样本比较

那么从上面的三种比较方式我们可以看出需要以下几组样本

1、癌症样本，使用Tumor表示

2、正常样本，使用Normal表示

3、放疗样本，使用Irrad表示

4、非放疗样本，使用NoIrrad表示

5、癌症放疗样本，使用TumorIrrad

6、非癌症放疗样本，使用NoTumorIrrad

然后我们将这六组样本分别拿出来比如第一组，注意哦，我在Excel里面重新建了个表

加入第二组样本，即正常样本如：

加入第三组样本，即放疗样本如：

依次类推往表格后面加就行,所有组加完了另存为一个文本文件就行，比如下图：new_sample.txt

用文本打开new_sample.txt看看格式有没有坏，整齐的就好：

数据准备完毕了之后导入我们的DECenter软件如

注意箭头处一定要选对，点击运行并选择结果保存目录。

然后等待程序运行完成即可，根据数据量和电脑配置，时间长短不一，最终结果如下：