国自然想研究lncRNA↔DNA甲基化？这个工具靠谱！

怎么？最近还在为课题设计烦恼？lncRNA的分子机制令人眼花缭乱，想从转录水平研究lncRNA分子机制？不妨试试lncRNA和DNA甲基化的思路，这类研究主要依赖于MCIp，ChIRP以及ChIP技术，但是别人已经替咱们做过seq和array了，咱们不用花一分钱就能用。

顺手给大家推荐一个贼好用的甲基化数据库，点点鼠标就能做lncRNA课题设计！

 

（1）18年国自然：lncRNA、DNA甲基化

师兄查询了18年的国自然项目，发现这个研究方向的项目还为数不多，下面是一些有代表性的例子，很好滴结合了两大相对成熟的热点但又不失创新性。

项目名称	单位	金额	类别
LncRNA-RP11-159K7.2作为新的喉癌标志物及其调控DNA甲基化的机制研究	哈尔滨医科大学	55	面上项目
基于多组学数据筛选和鉴定冠心病相LncRNA、甲基化和遗传易感位点	中国医学科学院阜外医院	60	面上项目
LncRNA-GAS5甲基化调控心肌成纤维细胞自噬在心肌纤维化中的分子机制研究	安徽医科大学	20	青年
LncRNA Dnmt3aos-DNMT3A轴介导的DNA甲基化修饰在巨噬细胞极化中的作用及机制研究	皖南医学院	20	青年
长链非编码RNA基因甲基化在结直肠癌中的诊断价值及应用研究	山东大学	21	青年
LncRNAH19启动子区域DNA甲基化调控VSMCs表型转化及其在动脉钙化中的作用机制	首都医科大学	55	面上项目

都知道LncRNA有众多分子机制，例如HOTAIR不仅可以参与转录水平的组蛋白的甲基化调控，亦可以在胞质中调控雄激素受体的泛素化，居然也可以参与到核内的DNA甲基化，调控转录本的转录，那么lncRNA和DNA甲基化该怎么讲故事呢？

（2）lncRNA和DNA甲基化怎么讲故事？ 

①lncRNA→miRNA、转录因子、基因的DNA甲基化

研究方向：胚胎干细胞ESC

主角：lncRNA、miRNA、DNA甲基化

Lin28a是一种RNA结合蛋白，通过提高几种代谢酶的生成，以及推动几个通常在胚胎中较为活跃的代谢过程，会促进损伤后的组织修复。

胚胎干细胞分化的测序发现了候选LncRNA-linc1281，敲除它发现lin28a表达下调，而lin28a上游miRNA let-7的转录上调，介导了lin28a的降解。

ChIP实验报名时核转录因子Nanog的促miRNA转录作用，而Nanog的表达其实是受到了其CpG区的甲基化水平调控，而linc1281参与其中。

一言以蔽之：linc1281→转录因子Nanog DNA甲基化→无法结合let-7的启动子区→lin28a丰度上调

 

②lncRNA甲基化→lncRNA↓→下游mRNA、miRNA↕

研究方向：乳腺癌中lncRNA DNA甲基化

主角：lncRNA

CpG岛甲基化发现肿瘤组有69个lncRNA的甲基化水平表达差异，例如Esrp2-antisense在肿瘤样本中呈现低甲基化，Esrp2-antisense是Esrp2的反义链产物，Esrp2在各类肿瘤中起着双刃剑的作用，无论上调和下调都和肿瘤的进程有关，进一步研究表明，临近的enhancer序列的甲基化抑制了Esrp2-antisense的转录，而生存分析发现这两条转录本的高表达都和乳腺癌的差的预后相关。

一言以蔽之：enhancer序列的甲基化→Esrp2-antisense↓→Esrp2转录本未变化，但其蛋白质水平下降（可能是泛素化），提示Esrp2-antisense保护着Esrp2蛋白

（3）lncRNA和DNA甲基化一键查询

数据库：Lnc2Meth，http://www./Lnc2Meth/

该数据库基于不同疾病样本或者细胞的MCIp-seq ，ChIRP-seq以及DNA甲基化芯片等数据分析，结合pubmed已发表的文章，可以完成一键查询lncRNA参与的DNA甲基化行为。

①点击“Curation”查询已有成果，而点击“search”便可以查询预测的结果，可以“疾病”或者“转录本名称”为关键词查询；

②如果我们以“MALAT1”转录本去查询已有成果，可看到MALAT1参与的甲基化行为，而且可以导出为“excel”

和端粒酶TERC甲基化调控有关。

③如果我们查询“EGFR-AS1”或者“肝细胞癌相关lncRNA”可能的甲基化调控模式，设置“search”中的关键词

其他功能，大家点点鼠标，自己逛逛吧。