分析结果权威,图片可以下载矢量格式,分析方法可以直接引用TCGA官方,发文章什么的妥妥没有问题!而且还是完全免费的!下面请看熊姐给大家做个简单的介绍: 首先我们打开TCGA官方数据的网站:https://portal.gdc./ 关心过熊姐往期教程的童鞋们都知道,这个网站就是TCGA目前官方提供的数据下载网站,可以把TCGA的数据像购物车一样下载的。然后这个网站在大概上周,正式推出了数据的分析服务。 (图片点击可以放大) 熟悉TCGA的童鞋可以看到,工具栏中新出来的一个Analysis,我们就是点击这个按钮,然后就可以在线分析啦。 分析工具总共有2种,1个是Set Operations,这个我们先放在一边,对大家来说有用的是第二种,Cohort Comparsion分析,为啥呢?因为第二种可以在线做生存曲线分析呗:) 这个工具的功能很强大,内容页很多,不过TCGA给大家提供了Demo,这个Demo可以点击进去尝试各种分析的! 我们来看看Demo吧,Demo是把胰腺癌病人分成了2类,1类是KRas这个基因突变的,一类是没有KRas这个基因突变的,然后对这两类病人进行分析: 这个图说明有KRas突变的病人数是137,没有KRas突变的病人数是777,然后底下的勾选框中,我们可以选择具体要分析的结果类型:包括Survival,种族、性别、存活状态、发病年龄等等。 这个就是很多童鞋特别关心的Survival Analysis分析了,可以把病例按照需要分成两类,然后进行生存分析。这个Demo的结果说明,有KRas突变的病人和没有KRas突变的病人,他们的生存有显著差异。这个分析后的图表,可以点击右上角的下载按钮,下载PDF格式(矢量格式)的。这个PDF的格式下载后,可以直接使用AI等绘图工具对图表中的文字和颜色进行修改,并且直接用于文章发表! 这个图是发病年龄的分析,熊姐告诉你一个小诀窍,这个图右下角有个TSV的按钮,这个按钮可以下载后缀为.tsv的文件,这个文件可以用Excel打开,大家还可以自己分析喔,是不是棒棒哒! 想学更多这类实用工具?那就快来参加由宇道生物和上交大医学院生信中心共同举办的《实用生物信息学培训班》吧,为您的文章和基金补充生信分析内容,结果更丰满,图表更漂亮:) 只做了一部分预实验,如何使用生物信息学方法为自己的观点提供更多证据? 常见的基因信息、蛋白信息、蛋白-蛋白相互作用信息如何查找? GO/KEGG分析是怎么做的,结果有什么用? 非编码RNA的研究中有哪些生物信息学工具和方法可以现学现用? 在公司做了二代测序实验,完全看不懂生物信息学分析报告…测序公司给我分析了好多差异蛋白/突变,接下去怎么办? 本次培训班由宇道生物和上交大医学院医药生物信息学中心联合打造,上课老师经验丰富,课程设计合理,专治各种迷茫,30人以下小班教学,名额有限喔! 【主办单位】 上海宇道生物技术有限公司/上海交通大学医学院医药生物信息学中心 【培训地点】 上海交通大学医学院(上海市重庆南路280号4号楼103) 【课程时间】 2017年12月01日 - 12月03日(报名中) 【课程人数】 精品小班,每期不超过30位学员! 温馨提示:请学员携带笔记本电脑参加。
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