雨花阁是故宫西路宫殿建筑群中最高的一座。阁前有二座东西配楼，阁后西部是梵宗楼，阁北部院内有宝华殿，宝华殿后紧联香云亭，中正殿。这二座建筑毁于一九二三年建福宫大火。这是一组以中正殿为主的佛堂建筑，也是清代宫中藏传佛教祭祀活动的主要场所。
雨花阁在这一区域的最南部，平面为长方形，面阔三间，进深三间，外加抱厦一间。立面为阶梯形三层，内里四层，其中第二层是夹层。
一二层腰檐铺葺蓝绿二色琉璃瓦，屋顶四角攒尖，顶尖上耸立一座鎏金覆钵式喇嘛塔铜镀金宝塔一座，通高九尺六寸。宝塔塔基、塔身、相轮、塔刹一应俱全。塔基为四方束腰，上有叠涩承托覆钵式塔身，十三天之上由伞盖、仰月托日和火焰珠组成塔刹，全部为铜质鎏金。四条金龙跃于殿脊之上，殿顶之上满覆鎏金铜瓦，鎏金屋顶下没有斗栱。檐口装饰华丽繁复，其彩色立体方块，兽面梁头部位都有着鲜明的藏族建筑艺术色彩，它是汉式宫殿建筑与藏式建筑的巧妙结合。这种藏汉合壁的独特建筑形式，在整个故宫建筑群中仅此一例。
一、殿顶塔
雨花阁及殿顶塔
雨花阁屋顶鎏金覆钵式喇嘛塔
二、紫檀木雕九级楼阁式八方塔
五级楠木楼阁式八方塔（双）
珐琅塔（双）
雨花阁内陈设布局是乾隆十九年的原状。
一层南端是抱厦。穿过抱厦是正间，迎门正中是一座紫檀木雕九级楼阁式八方塔，汉白玉石座。左右对称安置一对瓷塔，一对五级楠木楼阁式八方塔，这是由五座塔组成的第一排陈设。第二排两盆珐琅荣花树。第三排木珊瑚树四棵。第四排中部为铜镀金五供，两侧是一对珐琅象鼻鼎香炉，一对珐琅塔。殿中为紫檀木佛龛，供佛三尊。乾隆时期中供金胎释迦佛，左供金胎四臂观音，右供金胎文殊菩萨。现在中供铜镀金释迦牟尼，左右是无量寿佛。
雨花阁一层内景
紫檀木雕九级楼阁式塔和五级楠木楼阁式塔
三、五级粉彩瓷塔
五级粉彩瓷塔
佛塔分别为九层、五层雕花紫檀木塔和五层粉彩瓷塔，陈列于雨花阁的抱厦和前殿中。两百多年来，它们静静的矗立在那里，以精巧绝伦的工艺博得参观者的赞叹，是雨花阁原状佛堂陈列中最重要文物。佛塔构造非常精巧，瓷塔以凸凹槽层层相接，木塔则由榫卯相连，仅辅以胶粘。木塔塔高三百四十厘米，瓷塔塔高二百八十四厘米。二零一零年，故宫工作人员给四座塔作了防震处理。
坛城
一层正中佛龛后面即三座大坛城，座于汉白玉须弥座上，外部是紫檀木重檐亭式罩。坛城为铜镀金掐丝珐琅制造。圆形底盘，直径三点六五米，中间为蓝色正方体供台，高七十厘米，每边长一点六九米。四个立面每个面为金刚杵头，四种颜色，北红南白西黄东蓝。供台上是正方体宫殿，开四门，每门前是装饰繁缛华丽的五彩牌坊。方殿内是圆式框架，圆中心是井字，坛城的主尊神像立于井字正中，周围格内是护法神象。圆形框架上部开一单檐盝顶天窗。盝顶上是一个长方体平台，台上是一个小方阁，内供经书一部，此阁称“续阁”，即经阁。宫殿内外装点着幡幢、白猿、飞天、宝瓶等。供台下围绕着六十四个金刚杵组成的金刚墙。此墙外是一圈彩色火焰墙，两墙之间是八大寒林，按东、南、西、北、东南、东北、西南、西北八方摆放着塔、树、山、祖师、龙神、树神、骷髅、狮子、狐狸、狼、虎、象等，数目都是八的倍数。每方都有护方神。各有一宝树，树下坐着一天的主宰，如帝释天、大自在天等。这三座坛城造形颜色完全一致，只是内供神像不同。正中是密集坛城，东边是胜乐坛城，西边是大威德坛城。
坛城北面三间用雕龙欢门罩与南面分开，自成一活动空间。其上部是雨花阁二层（夹层），在二层栏杆外面朝南贴着一部磁青纸金字经，用满、汉、蒙、藏四种文字书写。正中大字书“西方极乐世界阿弥陀佛安养道场”。阿弥陀佛即无量寿佛，它的安养道场即是无量殿了。这一空间宽敞，但光线昏暗，顶棚低矮，使人产生压抑，神秘以致恐怖之感，这是与西藏寺庙中密宗殿的氛围是一样的。正北面是一座红漆描金大佛龛，龛前放一长供案。佛龛两侧写有四种文字的佛名，东侧汉满文，西侧藏蒙文，内容一样。二至四层佛龛也都写有四种文字佛名。
一层佛龛
坛城前的观世音
一层佛龛汉文是“此层供奉智行（即事部）品佛，应念智行品内夫量度寿佛，四臂观世音菩萨，尊胜佛母，白救度佛母，大悲观世音菩萨，绿救度佛母，随求佛母，白伞盖佛母等经。”现存龛中十尊像有几尊与上叙佛名不符。这是一组铜镀金坐像，无量寿佛居中，高度不等，在五十至五十九厘米之间。这些神像就是密宗事部的主尊，它们中除“积光佛母”外都是静相神，安静平和，慈眉善目。大白伞盖、尊胜、白救度、绿救度、随求等佛母，是藏传佛教中特有的女神形象。丰乳细腰，面容秀丽娴静，躯体摆动成S型曲线，表现了女性美。比较特殊的是积光佛母，她站在莲台上，脚下踏二个人，莲台下是七只小猪拉的两轮车。虽是女身，但头载骷髅冠，腰披兽皮裙，载人头项曼，完全是护法神装束，红发向上冲，横眉立目，与其它几位女神形成鲜明对比。
二层佛龛
二至四层，每层一佛龛一供案，与一层形式相同。二层佛龛汉文：“此层供奉行德（即行部）品佛，应念行德品内宏光显耀菩提佛，佛眼佛母，无我佛母，白衣佛母，蓝救度佛母，显行手持金刚，蓝摧碎金刚，白马头金刚，无量寿佛等经。”行部佛像九尊，以宏光显耀菩提佛为中心，四尊佛母四尊金刚分列左右。四位佛母均为右舒座式（左腿盘着，右腿伸出，右脚踏一朵莲花）其装束和面部表情一样，只是手式和持物各异。四位金刚均展左立（左腿伸直，右腿弯曲似弓箭步的姿势），像高五十三厘米。
三层佛龛
三层佛龛汉文：“此层供奉瑜伽品佛，应念瑜伽品内金刚界毗卢佛，成就佛，最上功擂佛，普慧毗卢佛，度生佛等经”。瑜伽部五尊像均着菩萨装，全跏趺座，像高六十八厘米。
四层佛龛
四层佛龛汉文：“此层供奉无上品佛，应念无上品内秘密佛，威罗瓦金刚，上乐王佛等经”。龛中三尊像是青铜的，像高四十四厘米。一至三层均为铜镀金像，唯有这三尊像是青铜的，体积虽小但工艺高超精美远胜过其它佛像。这是三尊双身像，外界所传“雨花阁内有五尊欢喜佛”其实就只有这三尊像。中间是密集（即秘密佛），西边是大威德（即威瓦罗金刚，雅曼达嘎），东边胜乐（即上乐王佛），位置与一层坛城一致。
拉萨上下密院主修的就是这三大金刚。黄教密宗修行依宗喀巴的“密宗教道次第广论”为根据，其修行的内容主要是密集、胜乐、大威德，以及一些次要的金刚和护法神，修行的人要严格遵循修行次第，最后经过研习“生起、圆满”二次第，达到解脱成佛。
雨花阁密宗四部佛像合计二十六尊这是一组很微妙的组合体系，每一位神都有其确定位置，它们的排列组合秩序与密教仪轨紧密相关，玄秘难测。雨花阁是一座典型的黄教密宗神殿，有三大坛城，众多的经、像、塔，完整的密宗四部修习场所及神像，为我们了解藏传佛教及其艺术，特别是在清代皇宫中的特殊形态，提供了难得的资料。
