5分钟一个课题设计，10分钟一篇生信文章

相信大家都各有各的喜悦和苦恼，苦恼啥呢？太多了。

咱们今天就来关注一下科研汪比较头大的课题设计和数据挖掘，这也是开题报告和基金申请中最重要的一部分了。

咱们就介绍的神器的网站叫做circlncRNAnet，一个自诩碾压所有非编码RNA数据库的网站，其实刚开始师兄是不信，看着看着就跪了。

教大家如何10分钟就找到课题设计思路，甚至做出一篇生信文章的素材。

（1）数据库网址

首先来看下它的网站首页

http://app./circlnc/

有三种分析的选项，咱们首先来试试“lncRNA-TCGA”，基于TCGA数据库，类似这种功能的数据库也是不少的，像CRN、cbioportal等，不过绝对没有这个好用。

（2）选择疾病类型，Start！

咱们看到，有多达20个肿瘤类型，咱们随手点开“BRCA(Breast Invasive Carcinoma )”

（3）不需要R，不需要别人帮忙，一键分析

然后乳腺癌的样本分析就出来了！就出来了！

咱们只需要选择“LogFC”“P值”来初筛一下基因（有些童鞋表示这种小儿科寡人也会），然后你点击“CSV”就可以下载到自己桌面了。

 

（4）课题设计选lncRNA分子

但是lncRNA依然很多啊，怎么办，那咱们就调整筛选条件，至于是logFC=8还是20，你看着办吧。

例如咱们提高筛选标准后，就出现了少数几个lncRNA了，那咱们自己查下信息，认为重要的那个或者几个（请注意，可以多选哦）

 

这个时候浏览器再次进入假死状态，请记住是假死，不是真死！不要暴躁地摔电脑！

（5）5分钟之后.......

等待了5分钟之后，分析的结果出来了，看看都有什么

①　LncRNA在组织中表达水平箱式图

②　LncRNA和共表达靶基因的共表达散点图

③　共表达基因的热图、GO注释和KEGG富集

④　共表达基因的Circos图

⑤　LncRNA-RBP网络图

⑥　LncRNA-miRNA网络图

呵呵，生信文章可以写写了

 

 （6）lncRNA互作关系可下载

这些图有时候很慢才出来，要有耐心（阴险脸）

喜欢lncRNA和miRNA互作的胖友有福了，一键下载有木有！

想要研究lncRNA的结合蛋白RBP的胖友有福了，一键下载有木有！

 

（7）生存分析曲线

至于lncRNA的生存曲线嘛，看看这个文章，生存分析，这个网站还不错！

（8）可DIY分析自己的芯片或者测序数据

另外这个网站也给咱们提供了分析自己lnc、circ芯片或者测序数据的选项

Demo file的样子如下，你需要首先区分开编码的和非编码的RNA，分别导入txt格式

circlncRNAnet自诩碾压以下所有数据库：

什么Starbase、NONCODE、miRanda、lncRNA2Function、Co-LncRNA、lncRNA2Target、LNCipedia、lncPro、Circ2Traits、CircNet等等，反正就是给人的感觉，没有一个其他数据库是它看得上的（哭脸）。