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在微生态研究领域，系统进化树（Phylogenetic tree）常用来对微生态群落进行系统发育、群落演化等相关内容的研究。在扩增子测序（微生物多样性）和宏基因（转录）组的研究中，系统进化树除了上述两类功能外，还可以对未知序列进行物种分类地位的鉴定和功能的替代性说明。如： 1. 微生物多样性研究中利用NCBI数据库中高度同源序列与OTU代表序列构建系统进化树对未知物种进行分类鉴定； 2. 宏基因组研究中利用已报到功能的高度同源序列对未知物种功能进行推断。 此外在测序数据爆炸、分析结果繁多、文章发表图片张数受限的现状下，我们可以可以将物种丰度与进化关系相结合来做图，解决上述问题并同时增加论文Artwork的美观性。如下图将系统进化树与物物种丰度柱状图相结合，在对海洋微生物组系统分类关系展示的同时还可以直观的比较不同物种类群的丰富度。 本文对系统进化树的原理、结果解读、绘制和美化相关内容进行了精心整理，目的是为各位从事微生态研究的同行能够更加了解系统进化树的作用和功能，增加对微生态群落未知物种及其功能的探索，并能够轻松将相关研究结果进行可视化展示，丰富科研论文的内容。 |
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