阿非ycfg / 科研工具 / 【干货来袭】肿瘤的甲基化研究方案

分享

   

【干货来袭】肿瘤的甲基化研究方案

2017-12-27  阿非ycfg

一、     研究背景


肿瘤的发生、发展不仅取决于遗传因素, 同时也受到表观遗传修饰的影响。肿瘤表观遗传学机制贯穿肿瘤发生、发展的整个过程, 并具有一定的广泛性和组织特异性, 因此对肿瘤的表观遗传学进行深入的研究对肿瘤的临床诊断、治疗和预防都具有重要的指导意义。DNA甲基化是表观遗传修饰中研究最广泛、最深入、最重要的表观遗传学修饰。在肿瘤细胞中常发现DNA整体的低甲基化以及特定区域的高甲基化,尤其是CpG 岛的异常甲基化在肿瘤中最具意义。

二、     研究路线

2.1 基于自测肿瘤样本的甲基化联合RNA层面研究路线图

2.2 基于数据库肿瘤样本的甲基化与RNA层面联合研究路线图

三、     研究结果展示

3.1 PCA分析

3.2 heatmap图展示

3.3火山图展示

3.4热力图展示

3.5差异甲基化位点与差异基因联合分析

3.6 DMR分析


3.7信号通路分析

3.8差异位点与预后的关联性分析

3.9差异位点在TCGA数据库样本生存曲线

四、     参考文献

1.Fan S, Huang K, Ai R, Wang M, Wang W: Predicting CpG methylation levels by integrating Infinium HumanMethylation450 BeadChip array data. Genomics 2016, 107(4):132-137.

2.Meyer KD, Patil DP, Zhou J, Zinoviev A, Skabkin MA, Elemento O, Pestova TV, Qian SB, Jaffrey SR: 5' UTR m(6)A Promotes Cap-Independent Translation. Cell 2015, 163(4):999-1010.

3.Sen A, Heredia N, Senut MC, Land S, Hollocher K, Lu X, Dereski MO, Ruden DM: Multigenerational epigenetic inheritance in humans: DNA methylation changes associated with maternal exposure to lead can be transmitted to the grandchildren. Sci Rep 2015, 5:14466.

4.Naranbhai V, Fairfax BP, Makino S, Humburg P, Wong D, Ng E, Hill AV, Knight JC: Genomic modulators of gene expression in human neutrophils. Nat Commun 2015, 6:7545.

5.Wang Q: CpG methylation patterns are associated with gene expression variation in osteosarcoma. Mol Med Rep 2017, 16(1):901-907.


    本站是提供个人知识管理的网络存储空间,所有内容均由用户发布,不代表本站观点。请注意甄别内容中的联系方式、诱导购买等信息,谨防诈骗。如发现有害或侵权内容,请点击一键举报。

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多
    喜欢该文的人也喜欢 更多

    ×
    ×

    ¥.00

    微信或支付宝扫码支付:

    开通即同意《个图VIP服务协议》

    全部>>