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如何根据转录因子预测靶基因?

2017-12-28  沙亮哥哥

我们以前写过如何寻找基因的启动子和预测转录因子:(工具篇):如何查找基因的启动子及预测转录因子?,今天我们反过来做一个事情:根据转录因子来预测靶基因。


其实我们知道很多转录因子的结合序列是相对保守的,这样我们就可以根据保守的序列进行预测,但是由于一般序列比较短,所以会预测到很多靶基因,这时我们一般通过CHIP-qPCR来反过来进行验证。好下面我们来介绍这个数据库:

GTRD (Gene Transcription Regulation Database):http://gtrd.biouml.org/

我们可以直接通过单击Start开始:

界面右侧的红框里面是我们可以设置的。这里我们直接举例说明,比如我们想完成两个事情:

(1)看lncRNA HOTAIR基因上转录因子SMAD1的结合情况;

(2)预测转录因子SMAD1的靶基因;


(1)我们在advanced search中输入物种、dataset、cell line、treatment、max gene distance和output type分别如图:

然后单击Run,在新打开的界面中可以看到HOTAIR和SMAD1的结合位点:

我们可以单击TF binding sites:open table:

查看具体信息:


如果我们想看所有转录因子的情况,在前面transcription factor里面选择any即可:

这样我们就可以同时看到转录因子结合位点与峰高(peaks)了:


(2)预测SMAD1的靶基因:

直接在advanced search里面选择SMAD1,

单击Run:

上图红框就是预测到的靶基因,结果可以导出:

选择导出格式:

我们看到一共有33522条:

这是导出的结果:

我们可以通过ID转换工具进行转换,方法见这两篇文章:

这些基因ID我完全看不懂怎么办?

基因ID转换小工具,太实用了!

转换过后的格式是这样的:

网站是好用,就是太多了,最后还是要结合ChIP-seq的数据来看。


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