在线的基因集富集分析工具——Enrichr

简介

Enrichr是一个基于网页端的综合性的基因集富集分析工具。富集分析是用于分析由全基因组实验产生的基因集合的流行方法。在这里，我们介绍一个重要的更新到这个域名为Enrichr的工具（此为第二版）。 Enrichr目前包含大量可用于分析和下载的基因组库。 Enrichr总共包含来自102个基因集库的180 184个注释基因集。 Enrichr增加了新功能，包括提交模糊集，上传BED文件，改进的应用程序编程接口以及将结果可视化为簇的能力。总的来说，Enrichr是一个综合资源，用于策划的基因组和搜索引擎，为进一步的生物学发现积累生物学知识。

Enrichr网页的链接为http://amp.pharm./Enrichr

Enrichr网站的主页：

其中“1”部分需要提交.bed文件，.bed文件中应该包含染色体号，基因的起始位置和终止位置以及正负链的信息，如下是一个示例的.bed文件

在我们提交这个.bed文件后，会出现如下信息

这里注意“3”的选项，要选择和你的.bed文件版本号相同的注释。

Ps：由于网络或者网页端服务器的问题，有的时候“3”并不会在你提交文件之后立马弹出，需要耐心等待一会。一定要选择对应的版本哦。

当然我们也可以直接提交自己的基因列表进行富集分析，这里使用enrichr提供的样本进行分析，结果如下：

可以看到，里面包含了几乎所有的基因集富集分析所能分析到的方面，对于我们常用的GO，KEGG等分析都包含在内，点开单独的矩形。

会出现该模块的详细信息，而且这个图是可以直接导出的哦。

点击“Table”。

可以看到详细的参数，点击“P-value”，可以按照p值对表格进行排序。同时我们也可以点击“exprot”讲表格里的内容导出进筛选。

Ps：从小编自己的使用经历来说，这个“export”有时候会失灵，如果失灵请同学们自己复制网页上的内容即可。

同时，“enrichr”还提供了对基因集聚类的功能，点击“Clustergram”可以得到聚类图：

小结：

enrichr这个网站提供了全面的，便捷的基因集富集分析的功能，几乎可能做到“一站在手，富集我有”。除了本文提到的常用功能外，还有很多其他的功能，推荐同学们读一遍这篇文献，文献在pubmed上是免费的哟。

全文链接：https://www.ncbi.nlm./pmc/articles/PMC4987924/

参考文献：

Kuleshov, M.V., et al., Enrichr:a comprehensive gene set enrichment analysis web server 2016 update.Nucleic Acids Res, 2016. 44(W1): p.W90-7.