IDT UDI Adapter_双重检验助力高通量测序剔除标签错配

AIR2000 2018-01-17

展开全文

什么是 index misassignment？

2017年4月，illumina公布了题为“Effects of Index Misassignment on Multiplexing andDownstream Analysis”的白皮书[1]。该白皮书坦陈了illumina一些高通量型号，如HiSeq 3000/4000，HiseqX Series 及NovaSeq等仪器，容易出现样品标签错配(index misassignment)的问题，而这些仪器的共同点在于，都采用了新型的以Nano-Well 为特点的Patterned Flow Cell Technology (PFCT)，簇生成方式也有别于传统的桥式PCR，换成了ExAmp (Exclusion Amplification)。illumina生动的描述这种现象为“标签跳跃” (index hopping) [1]。

随着白皮书的公布，大家更关心的是，目前的NGS的哪些应用受index misassignment的影响较大。我们总结了下，主要有以下几方面的研究可能会受到 index misassignment的影响。

除此之外，但凡涉及到利用NGS方法在一个高背景噪音干扰的混合物中寻求微量“阳性”数据的检测都非常容易受到index misassignment的影响。因为在同一个实验通道内的邻居样本很可能用了错误的index刷开了你家的大门。

index misassignment 产生的原因

其实，引起index misassignment不仅仅是测序平台的ExAmp技术，只是ExAmp让标签错配的问题引起了大家重视。二代测序整体流程上，每一个微小失误都可能引入标签错配。下列表格，我们总结了一些引起标签错配的原因。

如何剔除index misassignment

illumina官方针对出现的index misassignment现象，提出了“prepare dual indexed libraries with unique index”的解决方法，即构建带有特异性双端index标签 (Unique Dual Index, UDI) 文库使发生标签错配的reads被剔除。

我们针对上文中引起标签错配的原因，列出了现存的解决方案。可以发现UDI可以部分解决标签错配问题，带有UDI的文库使得在后续数据分析时，i5 index和i7 index可以进行双侧验证，只有两端带有完全正确的index 序列的reads才能进入样本分析，从而可以剔除样本标签错配。

IDT UDI Adapter 助力高通量测序

随着测序样本通量的增加和更高通量的测序仪的推广，对multiplexing的需求更加迫切。例如，2017年推出的Novaseq这种2天可以产生2TB数据的超高通量测序平台，必须有与之搭配使用的多种优质index与接头，规避可能的index misassignment影响，才能发挥其高通量的作用。IDT“一拍脑门”，在接头上的小小变化就可以有效提升测序数据的可靠性。

IDT公司设计生产的UDI Adapter，除了拥有IDT一贯的高效超纯oligo合成外，还拥有以下几点优势，和illumina高通量测序平台相辅相成。