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位于山东省即墨市境内，面积354公顷，1993年建立省级自然保护区，1994年晋升为国家级，主要保护对象为火山岩柱状节理和罕见的硅化水。本区最高峰海拔233米，出露地层为早白垩纪青山组，面积约1平方公里的安山岩直接覆盖在沉积岩上，呈柱状节理的“马山石柱群”就发育在安山岩中，其规模之大、结晶过程和形态之特殊，为世界罕见。此外，保护区内还分布有罕见的硅化木群，已发现11株，属南洋杉科植物，对研究古地理、古生态有指示意义。所有这些，使马山保护区成为一座天然的“地质宝库”。
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山东黄河三角洲国家级自然保护区地处渤海之滨，东营市境内，新、老黄河入海口两侧，是以保护新生湿地生态系统和珍稀濒危鸟类为主的湿地类型自然保护区。保护区于1992年经国务院批准建立，设一千二、黄河口、大汶流三个管理站，总面积15.3万公顷，其中陆地面积 82700公顷，潮间带面积38250公顷，低潮时负3米浅海面积32050公顷。2013年10月24日，被正式列入国际重要湿地名录。
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山东长岛国家级自然保护区位于山东省长岛县境内，面积5300公顷，1982年经山东省人民政府批准建立，1988年晋升为国家级，主要保护对象为鹰、隼等猛禽及候鸟栖息地。本区地处辽东半岛和山东半岛之间，由长山列岛的大小32个岛屿组成，为候鸟迁徙的重要通道和停歇地。岛上林木苍郁，山峦重叠，为鸟类的栖息提供了良好的生态环境。全区有鸟类240余种，其中属国家一级保护的有金雕、白肩雕等9种，属国家二级保护的有42种，在中日候鸟保护协定所列的227种鸟类中，长岛就有196种，占86％，是我国开展鸟类环志的主要基地。
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山旺古生物化石国家级自然保护区位于山东省临朐县山旺村，地处鲁中南山区的东北边缘，总面积120公顷。其间，保存着1800万年前各种动植物化石。这些化石，种类繁多，精美完好，印痕清晰，栩栩如生，被誉为“化石宝库”、“万卷书”，是一座古生物化石天然博物馆。现已发现的有10多个门类，400余种。植物化石有苔藓、蕨类、裸子植物和被子植物；动物化石有昆虫、鱼、两栖、爬行、鸟和哺乳动物各类。
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滨州贝壳堤岛与湿地国家级自然保护区位于山东省无棣县城北60公里处，渤海西南岸，西至漳卫新河，东至套儿河，北至浅海-3米等深线，本区地势低平，发育了山东省最宽广的滨海湿地带。在地貌上自南向北可分为第一贝壳堤岛及潮上沼泽湿地带、第二贝壳堤岛以及潮间滩涂和潮下湿地带。贝壳堤岛全长76公里，贝壳总储量达3.6亿吨，为世界三大贝壳堤岛之一，是一处国内独有、世界罕见的贝壳滩脊海岸，是目前世界上保存最完整，且是唯一新老堤并存的贝壳堤岛。是东北亚内陆和环西太平洋鸟类迁徒的中转站和越冬、栖息、繁衍地，共有鸟类45种。
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荣成大天鹅国家级自然保护区
荣成大天鹅国家级自然保护区，位于山东省威海市荣成成山镇境内，荣成天鹅湖滩涂广阔、气候宜人、环境幽静、饵料丰富，非常适宜大天鹅栖息越冬。荣成天鹅湖由3个独立的泻湖组成，即月湖（天鹅湖）、朝阳湖（朝阳天鹅湖）以及养鱼湖（马山港天鹅湖）。2000年，山东省政府批复成立荣成天鹅湖省级自然保护区，将3个湖区全部划定为保护区的核心区。天鹅湖所在地的成山镇政府也先后投入大量人力物力，努力改善和保护生态环境，为大天鹅营造了一个优美舒适的“家园”。
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山东昆嵛山国家级自然保护区位于山东省牟平、文登两区市，它以烟台市昆嵛山林场为主体，总面积15416公顷。保护区内有野生高等植物1073种，还有野生动物1161种。有分布于中国最北界的刺杉、最南界的赤松，也拥有山东省最大的世界树木活化石——水杉。是山东省第一个森林生态类型的国家级自然保护区。拥有全世界保存最完好的赤松林，是中国赤松的原生地和天然分布中心，被誉为“胶东植物王国”。是以中国赤松为主要保护对象的森林生态类型自然保护区。
